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2bpa

ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P03641

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 180 DNA 60 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 60 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P69592） water × 240 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 3 DNA 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） water × 4 与全部聚合物一致
3 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 5 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 5 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P69592） water × 20 与全部聚合物一致
4 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 18 DNA 6 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 6 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P69592） water × 24 与全部聚合物一致
5 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 3 DNA 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1kvp 1kvp

共 2 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1kvp 1kvp 1kvp

共 3 个 assembly

异源或核酸复合物
1al0 1al0 1al0 1al0 1al0 1al0 1cd3 1cd3 1cd3 1cd3 1cd3 1cd3

共 17 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGF_BPPHX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P03643

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 180 DNA 60 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 60 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P69592） water × 240 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 3 DNA 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） water × 4 与全部聚合物一致
3 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 5 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 5 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P69592） water × 20 与全部聚合物一致
4 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 18 DNA 6 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 6 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P69592） water × 24 与全部聚合物一致
5 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 3 DNA 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1al0 1al0 1al0 1al0 1al0 1al0 1cd3 1cd3 1cd3 1cd3 1cd3 1cd3

共 17 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGG_BPPHX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 2； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P69592

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 180 DNA 60 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 60 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03643） water × 240 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 3 DNA 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） water × 4 与全部聚合物一致
3 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 5 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 5 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03643） water × 20 与全部聚合物一致
4 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 18 DNA 6 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 6 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03643） water × 24 与全部聚合物一致
5 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 3 DNA 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1rb8 1rb8 1rb8 1rb8 1rb8 1rb8 2bpa 2bpa 2bpa 2bpa 2bpa 9k3m

共 12 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGJ_BPPHX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 3； PDB构建体 1–37； UniProt 2–38

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bpa
沉积日期 deposition_date1991-12-03
结构标题 titleATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS
关键词 keywordsPROTEIN-DNA COMPLEX, SINGLE STRAND, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX; Virus/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bpa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bpa__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bpa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）0.00 Å
Rg（电子密度）125.90 Å
总 Rg125.90 Å
原子数307200
残基数38520
排除体积5430400 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bpa__assembly_1__model_1 240-MERIC （240） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2bpa__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 2bpa__assembly_3__model_1 eicosameric （20） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 2bpa__assembly_4__model_1 24-meric （24） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 2bpa__assembly_5__model_1 tetrameric （4） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bpa1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP
结构域编号 domain_idd2bpa2_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bpa100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Microviridae F protein
结构域编号 domain_id2bpa200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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7. 引用文献 (6)