2cg9

Crystal structure of an Hsp90-Sba1 closed chaperone complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT MOLECULAR CHAPERONE HSP82

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P02829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–677 链 B; UniProt 1–677 片段:RESIDUES 1-677 CO-CHAPERONE PROTEIN SBA1 × 2 (P28707) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY THE HANGING DROP METHOD WITH 1:1 DROPS. PROTEIN AT 15MG/ML MIXED WITH 100MM HEPES PH 7.5, 20% PEG4K, 10% ISOPROPANOL, 10% GLYCEROL. 分辨率 3.10 Å R-free 0.353

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP82_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–677; UniProt 1–677 作者链 B; PDB构建体 1–677; UniProt 1–677

CO-CHAPERONE PROTEIN SBA1

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P28707

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 1–134 链 Y; UniProt 1–134 片段:RESIDUES 1-134 突变:YES ATP-DEPENDENT MOLECULAR CHAPERONE HSP82 × 2 (P02829) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY THE HANGING DROP METHOD WITH 1:1 DROPS. PROTEIN AT 15MG/ML MIXED WITH 100MM HEPES PH 7.5, 20% PEG4K, 10% ISOPROPANOL, 10% GLYCEROL. 分辨率 3.10 Å R-free 0.353

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SBA1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 Y; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2cg9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2cg9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2cg9
沉积日期 deposition_date2006-03-01
结构标题 titleCrystal structure of an Hsp90-Sba1 closed chaperone complex
关键词 keywordsCHAPERONE, CHAPERONE COMPLEX, HSP90, HEAT SHOCK PROTEIN, CO-CHAPERONE, ATP-BINDING, HEAT SHOCK, NUCLEOTIDE-BINDING, ACETYLATION; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.12
零角强度 I(0) i0403975000.00
分子量 molecular_weight168770.0 kDa
排除体积 excluded_volume213190 ų
包络体积 envelope_volume297920 ų
水化壳体积 shell_volume61088 ų
包络直径 envelope_diameter131.4
壳层 Rg shell_rg46.39
包络 Rg envelope_rg39.80
形状 Rg shape_rg40.10
总 Rg total_rg40.57
总原子数 total_atoms11906
残基数 n_residues1457
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.9
Rg (实空间) rg_real40.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real4.0400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal404000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8749
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.9
偏度 Skewness skewness0.305
峰度 Kurtosis kurtosis-0.521
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha61980000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.540

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2cg9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2cg9A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80
结构域编号 domain_id2cg9B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2cg9B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80
结构域编号 domain_id2cg9X01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily790
结构域编号 domain_id2cg9Y01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily790

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)