2cly

Subcomplex of the stator of bovine mitochondrial ATP synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL

BOS TAURUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13620） ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 1 （P02721） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13620） ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 1 （P02721） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT5F1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214 作者链 D； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL

BOS TAURUS

UniProt P13620

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13619） ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 1 （P02721） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13619） ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 1 （P02721） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP5H_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL

BOS TAURUS

UniProt P02721

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13619） ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13620） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13619） ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL × 1 （P13620） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP5J_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–77； UniProt 32–108 作者链 F； PDB构建体 1–77； UniProt 32–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cly
沉积日期 deposition_date	2006-05-03
结构标题 title	Subcomplex of the stator of bovine mitochondrial ATP synthase
关键词 keywords	;MITOCHONDRIA, MITOCHONDRION, ION TRANSPORT, CF(0), STATOR, TRANSPORT, ACETYLATION, ATP SYNTHASE, HYDROGEN ION TRANSPORT, TRANSIT PEPTIDE, PERIPHERAL STALK, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2cly__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2cly__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2cly__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.64 Å
Rg（电子密度）	40.34 Å
总 Rg	40.00 Å
原子数	2414
残基数	291
排除体积	42984 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2cly__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2cly__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	24702.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4845

PVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGEFADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHISVQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCIADLKLLSKKAQAQPVM

来源 Source

来源生物 organism	BOS TAURUS
通用名 common_name	BOVINE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	18588.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPIPEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIETL

来源 Source

来源生物 organism	BOS TAURUS
通用名 common_name	BOVINE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	9118.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

FNKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS

来源 Source

来源生物 organism	BOS TAURUS
通用名 common_name	BOVINE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2clya1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.52 — ATP synthase B chain-like
超家族 Superfamily superfamily	f.52.1 — ATP synthase B chain-like
家族 Family family	f.52.1.1 — ATP synthase B chain-like

结构域编号 domain_id	d2clyb1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.53 — ATP synthase D chain-like
超家族 Superfamily superfamily	f.53.1 — ATP synthase D chain-like
家族 Family family	f.53.1.1 — ATP synthase D chain-like

结构域编号 domain_id	d2clyc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.45 — Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6
超家族 Superfamily superfamily	f.45.1 — Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6
家族 Family family	f.45.1.1 — Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6

结构域编号 domain_id	d2clyd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.52 — ATP synthase B chain-like
超家族 Superfamily superfamily	f.52.1 — ATP synthase B chain-like
家族 Family family	f.52.1.1 — ATP synthase B chain-like

结构域编号 domain_id	d2clye_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.53 — ATP synthase D chain-like
超家族 Superfamily superfamily	f.53.1 — ATP synthase D chain-like
家族 Family family	f.53.1.1 — ATP synthase D chain-like

结构域编号 domain_id	d2clyf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.45 — Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6
超家族 Superfamily superfamily	f.45.1 — Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6
家族 Family family	f.45.1.1 — Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2clyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2210 —

结构域编号 domain_id	2clyB00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2clyC01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2clyD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2210 —

结构域编号 domain_id	2clyE00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2clyF01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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晶胞边长 a length_a	50.499 Å
晶胞边长 b length_b	79.354 Å
晶胞边长 c length_c	115.665 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	115.470 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2950

Subcomplex of the stator of bovine mitochondrial ATP synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cly__assembly_1__model_1

2cly__assembly_1__model_1 | I(q)

2cly__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

Subcomplex of the stator of bovine mitochondrial ATP synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE B CHAIN, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE D CHAIN, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cly__assembly_1__model_1

2cly__assembly_1__model_1 | I(q)

2cly__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)