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2cqg

Solution structure of the RNA binding domain of TAR DNA-binding protein-43

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TAR DNA-binding protein-43

Homo sapiens

UniProt Q13148

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 96–185 片段：RNA recognition motif 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：0.86mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2CQG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WF0 Solution structure of RRM domain in TAR DNA-binding protein-43 提交 2004-05-25 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 193–267（75 aa） 片段：RRM domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 0.8mM U-15, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N2C NMR Structure of TDP-43 prion-like hydrophobic helix in DPC 提交 2015-05-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 307–349（43 aa） 片段：UNP residues 307-349
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 ambient
NMR样品组成 300 uM [U-100% 15N] entity-1, 60 mM DPC-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N3X Solution Structure of TDP-43 Amyloidogenic Core Region 提交 2015-06-11 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 311–360（50 aa） 片段：UNP residues 311-360
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）80；压力 ambient
NMR样品组成 600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] GB1-TDP(311 - 360)-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 8 v/v [U-99% 2H] D2O-4, 0.02 v/v sodium azide-5, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2N4G Solution Structure of the G335D Mutant of TDP-43 Amyloidogenic Core Region 提交 2015-06-17 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 311–360（50 aa） 片段：UNP residues 311-360
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）80；压力 ambient
NMR样品组成 600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] GB1-TDP(311-360)-G335D-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 8 % [U-99% 2H] D2O-4, 0.02 w/v sodium azide-5, 92 % H2O-6, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2N4H Solution Structure of the Q343R Mutant of TDP-43 Amyloidogenic Core Region 提交 2015-06-18 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 311–360（50 aa） 片段：UNP residues 311-360
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）80；压力 ambient
NMR样品组成 600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] GB1-TDP(311-360)-Q343R-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 0.02 w/v sodium azide-4, 8 % [U-99% 2H] D2O-5, 92 % H2O-6, 92% H2O/8% D2O | 92% H2O/8% D2O
分辨率未提供
2N4P Solution structure of the n-terminal domain of tdp-43 提交 2015-06-26 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–77（77 aa） 片段：N-terminal residues 1-77
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.8；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-0.7 mM [U-13C; U-15N] NTD, TCEP, CD3COOD/ CD3COO-Na+, NaN3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4BS2 NMR structure of human TDP-43 tandem RRMs in complex with UG-rich RNA 提交 2013-06-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 102–269（168 aa） 片段：RNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 102-269
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50
NMR样品组成 94%WATER/6%D2O
分辨率未提供
4IUF Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain in Complex with a Single-stranded DNA 提交 2013-01-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 103–179（77 aa） 片段：RRM1 Domain (UNP residues 103-179)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.12M CH3COONH4, 0.05M Bis-Tris, 16% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.75 Å R-free 0.259
4Y00 Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain with D169G Mutation in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA 提交 2015-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 101–191（91 aa） 片段：UNP residues 101-191
突变：D169G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.05 M CH3COONH4, pH 5.0, 15% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4Y00 Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain with D169G Mutation in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA 提交 2015-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 101–191（91 aa） 片段：UNP residues 101-191
突变：D169G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.05 M CH3COONH4, pH 5.0, 15% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4Y00 Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain with D169G Mutation in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA 提交 2015-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 101–191（91 aa） 片段：UNP residues 101-191
突变：D169G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.05 M CH3COONH4, pH 5.0, 15% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4Y00 Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain with D169G Mutation in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA 提交 2015-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 101–191（91 aa） 片段：UNP residues 101-191
突变：D169G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.05 M CH3COONH4, pH 5.0, 15% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4Y0F Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA 提交 2015-02-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 101–191（91 aa） 片段：UNP residues 101-191
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.12M ammonium acetate, 0.08M BIS-TRIS, pH 5.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.288
4Y0F Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA 提交 2015-02-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 101–191（91 aa） 片段：UNP residues 101-191
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.12M ammonium acetate, 0.08M BIS-TRIS, pH 5.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5MRG Solution structure of TDP-43 (residues 1-102) 提交 2016-12-22 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–102（102 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 1-102
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.9；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.35 mM 13C15N TDP-43(1-102), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5W50 Crystal structure of the segment, LIIKGI, from the RRM2 of TDP-43, residues 248-253 提交 2017-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 248–253（6 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 248-253)
链 B 248–253（6 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 248-253)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；100 mM CHES, pH 9.5, 20% PEG8000, 10 mM lithium hydroxide
分辨率 1.40 Å R-free 0.207
5W52 MicroED structure of the segment, DLIIKGISVHI, from the RRM2 of TDP-43, residues 247-257 提交 2017-06-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件 BATCH；pH 8.5；310 K；50 mM CHES, pH 8.5
分辨率 1.40 Å R-free 0.306
5W7V CryoEM structure of the segment, DLIIKGISVHI, assembled into a triple-helical fibril 提交 2017-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 270 PDB 声明：270-meric
链 0 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 1 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 2 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 3 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 4 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 5 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 6 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 7 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 8 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5W7V CryoEM structure of the segment, DLIIKGISVHI, assembled into a triple-helical fibril 提交 2017-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 0 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 1 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 2 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 3 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 4 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 5 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 6 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 7 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 8 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5W7V CryoEM structure of the segment, DLIIKGISVHI, assembled into a triple-helical fibril 提交 2017-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 0 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 1 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 2 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 3 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 4 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 5 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 6 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 7 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
链 8 247–257（11 aa） 片段：RRM2 peptide (UNP residues 247-257)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5WHN Crystal structure of the segment, NFGAFS, from the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317 提交 2017-07-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 312–317（6 aa） 片段：UNP residues 312-317
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；100mM phosphate/citrate 4.2, 40% ethanol, 5% PEG 1000
分辨率 1.10 Å R-free 0.160
5WHP Crystal structure of the segment, NFGTFS, from the A315T familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 312–317（6 aa） 片段：UNP residues 312-317
突变：A315T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；100mM sodium acetate 4.6, 200mM ammonium acetate, 30% PEG 4000
分辨率 1.00 Å R-free 0.093
5WIA Crystal structure of the segment, GNNSYS, from the low complexity domain of TDP-43, residues 370-375 提交 2017-07-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 370–375（6 aa） 片段：UNP residues 370-375
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100mM bis tris propane 8.5, 200mM sodium nitrate, 20% PEG 3350
分辨率 1.00 Å R-free 0.181
5WIQ Crystal structure of the segment, GFNGGFG, from the low complexity domain of TDP-43, residues 396-402 提交 2017-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 396–402（7 aa） 片段：UNP residues 396-402
链 B 396–402（7 aa） 片段：UNP residues 396-402
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；100mM sodium acetate pH 4.5, 800mM sodium phosphate monobasic, 1200mM potassium phosphate dibasic
分辨率 1.25 Å R-free 0.168
5WKB MicroED structure of the segment, NFGEFS, from the A315E familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317 提交 2017-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 312–317（6 aa） 片段：UNP residues 312-317
突变：A315E 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；1x PBS, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件 Batch；pH 7.5；298 K；1x PBS, pH 7.5
分辨率 1.00 Å R-free 0.270
5WKD Crystal structure of the segment, GNNQGSN, from the low complexity domain of TDP-43, residues 300-306 提交 2017-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 300–306（7 aa） 片段：UNP residues 300-306
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM Bis-Tris propane, pH 7.5, 200 mM sodium sulfate, 20% PEG3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
5X4F Solution Structure of the N-terminal Domain of TDP-43 提交 2017-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–77（77 aa） 片段：UNP residues 1-77
突变：C39S/C50S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 1
NMR样品组成 1 mM U-99% 13C; U-99% 15N TDP(1-77)-GB1-C39/C50S, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.05 v/v sodium azide, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6B1G Solution structure of TDP-43 N-terminal domain dimer. 提交 2017-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–80（80 aa） 片段：NTD domain
链 B 1–80（80 aa） 片段：NTD domain
突变：S48E 突变：Y4R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TDP-43 NTD S48E, 2.0 mM TDP-43 NTD Y4R, 20 mM HEPES, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TDP-43 NTD Y4R, 2 mM TDP-43 NTD S48E, 20 mM HEPES, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6CFH SWGMMGMLASQ segment from the low complexity domain of TDP-43 提交 2018-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 333–343（11 aa） 片段：SWGMMGMLASQ segment
链 B 333–343（11 aa） 片段：SWGMMGMLASQ segment
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件 Batch；pH 7.5；303 K；phosphate buffered saline, shaken for 80 hours
分辨率 1.50 Å R-free 0.313
6N37 SegA-sym, conformation of TDP-43 low complexity domain segment A sym 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 195–244（50 aa）
链 B 195–244（50 aa）
链 C 195–244（50 aa）
链 D 195–244（50 aa）
链 E 195–244（50 aa）
链 F 195–244（50 aa）
链 G 195–244（50 aa）
链 H 195–244（50 aa）
链 I 195–244（50 aa）
链 J 195–244（50 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6N3A SegA-long, conformation of TDP-43 low complexity domain segment A long 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 195–244（50 aa）
链 B 195–244（50 aa）
链 C 195–244（50 aa）
链 D 195–244（50 aa）
链 E 195–244（50 aa）
链 F 195–244（50 aa）
链 G 195–244（50 aa）
链 H 195–244（50 aa）
链 I 195–244（50 aa）
链 J 195–244（50 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6N3B SegA-asym, conformation of TDP-43 low complexity domain segment A asym 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 195–244（50 aa）
链 B 195–244（50 aa）
链 C 195–244（50 aa）
链 D 195–244（50 aa）
链 E 195–244（50 aa）
链 F 195–244（50 aa）
链 G 195–244（50 aa）
链 H 195–244（50 aa）
链 I 195–244（50 aa）
链 J 195–244（50 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6N3C SegB, conformation of TDP-43 low complexity domain segment A 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 170–215（46 aa）
链 B 170–215（46 aa）
链 C 170–215（46 aa）
链 D 170–215（46 aa）
链 E 170–215（46 aa）
链 F 170–215（46 aa）
链 G 170–215（46 aa）
链 H 170–215（46 aa）
链 I 170–215（46 aa）
链 J 170–215（46 aa）
链 K 170–215（46 aa）
链 L 170–215（46 aa）
链 M 170–215（46 aa）
链 N 170–215（46 aa）
链 O 170–215（46 aa）
链 P 170–215（46 aa）
链 Q 170–215（46 aa）
链 R 170–215（46 aa）
链 S 170–215（46 aa）
链 T 170–215（46 aa）
突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 突变：A315E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6T4B CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RESOLUTION 提交 2019-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–80（80 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.55 Å R-free 0.263
6T4B CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RESOLUTION 提交 2019-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–80（80 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.55 Å R-free 0.263
6T4B CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RESOLUTION 提交 2019-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–80（80 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.55 Å R-free 0.263
6T4B CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RESOLUTION 提交 2019-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–80（80 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.55 Å R-free 0.263
6T4B CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TDP-43 N-TERMINAL DOMAIN AT 2.55 A RESOLUTION 提交 2019-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 1–80（80 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane 6.5, 20% PEG 3350
分辨率 2.55 Å R-free 0.263
7KWZ TDP-43 LCD amyloid fibrils 提交 2020-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 151–298（148 aa）
链 B 151–298（148 aa）
链 C 151–298（148 aa）
链 D 151–298（148 aa）
链 E 151–298（148 aa）
突变：low complexity domain (UNP residues 151-298) 突变：low complexity domain (UNP residues 151-298) 突变：low complexity domain (UNP residues 151-298) 突变：low complexity domain (UNP residues 151-298) 突变：low complexity domain (UNP residues 151-298) 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7N9H Structure of the mammalian importin a1 bound to the TDP-43 NLS 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 79–102（24 aa） 片段：Nuclear localization signal motif, residues 79-102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.5M sodium citrate, 10 mM mercaptoethanol
分辨率 2.20 Å R-free 0.215
7PY2 Structure of pathological TDP-43 filaments from ALS with FTLD 提交 2021-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
7Q3U Cryo-EM structure of TDP43 core peptide amyloid fiber 提交 2021-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 279–360（82 aa）
链 B 279–360（82 aa）
链 C 279–360（82 aa）
链 D 279–360（82 aa）
链 E 279–360（82 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8A6I Structure of the low complexity domain of TDP-43 (fragment 309-350) with methionine sulfoxide modifications 提交 2022-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 309–350（42 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] TDP-43 fragment 309-350, 20 mM HEPES, 10 mM potassium chloride, 5 mM MgCl2, 1 mM ATP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8CG3 Structure of TDP-43 amyloid filament from type A FTLD-TDP (variant 1) 提交 2023-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
链 U 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.39 Å
8CGG Structure of TDP-43 amyloid filament from type A FTLD-TDP (variant 2) 提交 2023-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
链 U 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8CGH Structure of TDP-43 amyloid filament from type A FTLD-TDP (variant 3) 提交 2023-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
链 U 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
8QX9 TDP-43 amyloid fibrils: Morphology-1a 提交 2023-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
链 E 1–414（414 aa）
链 F 1–414（414 aa）
链 G 1–414（414 aa）
链 H 1–414（414 aa）
链 I 1–414（414 aa）
链 J 1–414（414 aa）
链 K 1–414（414 aa）
链 L 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
8QXA TDP-43 amyloid fibrils: Morphology-1b 提交 2023-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
链 E 1–414（414 aa）
链 F 1–414（414 aa）
链 G 1–414（414 aa）
链 H 1–414（414 aa）
链 I 1–414（414 aa）
链 J 1–414（414 aa）
链 K 1–414（414 aa）
链 L 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8QXB TDP-43 amyloid fibrils: Morphology-2 提交 2023-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric
链 A 1–414（414 aa）
链 B 1–414（414 aa）
链 C 1–414（414 aa）
链 D 1–414（414 aa）
链 E 1–414（414 aa）
链 F 1–414（414 aa）
链 G 1–414（414 aa）
链 H 1–414（414 aa）
链 I 1–414（414 aa）
链 J 1–414（414 aa）
链 K 1–414（414 aa）
链 L 1–414（414 aa）
链 M 1–414（414 aa）
链 N 1–414（414 aa）
链 O 1–414（414 aa）
链 P 1–414（414 aa）
链 Q 1–414（414 aa）
链 R 1–414（414 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
9FOF Structure of heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 2) 提交 2024-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 282–345（64 aa）
链 C 282–345（64 aa）
链 E 282–345（64 aa）
链 G 282–345（64 aa）
链 I 282–345（64 aa）
链 q 282–345（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9FOR Structure of heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1) 提交 2024-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 284–345（62 aa）
链 C 284–345（62 aa）
链 E 284–345（62 aa）
链 G 284–345（62 aa）
链 o 284–345（62 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å

共 41 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TADBP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–97； UniProt 96–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2cqg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2cqg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2cqg
沉积日期 deposition_date2005-05-20
结构标题 titleSolution structure of the RNA binding domain of TAR DNA-binding protein-43
关键词 keywords;RNA recognition motif, RRM, RNA binding domain, RBD, RNP, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, RNA Binding Protein ;; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.57 Å
零角强度 I(0) i0766560000.00
分子量 molecular_weight228720.0 kDa
排除体积 excluded_volume284670 ų
包络体积 envelope_volume61183 ų
水化壳体积 shell_volume22531 ų
包络直径 envelope_diameter79.0 Å
壳层 Rg shell_rg29.80 Å
包络 Rg envelope_rg24.45 Å
形状 Rg shape_rg15.55 Å
总 Rg total_rg16.07 Å
总原子数 total_atoms32000
残基数 n_residues2060
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.3 Å
Rg (实空间) rg_real15.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real7.2600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal766600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6835
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary17.4 Å
偏度 Skewness skewness0.277
峰度 Kurtosis kurtosis-0.399
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.8060
最高正则化参数 α highest_alpha282400.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.006; Oscil: 0.980; Stabil: 0.982; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2cqga1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.1 — Canonical RBD
结构域编号 domain_idd2cqga2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2cqga3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2cqgA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)