SAXSdb — 2feq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2feq
沉积日期 deposition_date	2005-12-16
结构标题 title	orally active thrombin inhibitors
关键词 keywords	thrombin inhibitor, hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.12 Å
零角强度 I(0) i0	19969700.00
分子量 molecular_weight	34043.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42652 Å³
包络体积 envelope_volume	48363 Å³
水化壳体积 shell_volume	21417 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.24 Å
包络 Rg envelope_rg	18.46 Å
形状 Rg shape_rg	18.11 Å
总 Rg total_rg	19.12 Å
总原子数 total_atoms	2393
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.098
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8535000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Thrombin light chain
分子量 formula_weight	4096.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	2493

TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

Entity 2 polymer

描述 description	Thrombin heavy chain
分子量 formula_weight	29780.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE

Entity 3 polymer

描述 description	Decapeptide Hirudin Analogue
分子量 formula_weight	1514.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XYEPIPEEFAQ

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(CARBOXYMETHYL)-3-CYCLOHEXYL-D-ALANYL-N-({4-[(E)-AMINO(IMINO)METHYL]-1,3-THIAZOL-2-YL}METHYL)-L-PROLINAMIDE
分子量 formula_weight	464.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2feqH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2feqH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.240 Å
晶胞边长 b length_b	72.390 Å
晶胞边长 c length_c	73.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	50.300 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/fe/2feq/2feq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fe/2feq/2feq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fe/2feq/2feq.dat

orally active thrombin inhibitors

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)