2fpy

Dual binding mode of a novel series of DHODH inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2fpy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2fpy
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id2fpy
沉积日期 deposition_date2006-01-17
结构标题 titleDual binding mode of a novel series of DHODH inhibitors
关键词 keywordsprotein inhibitor complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.13
零角强度 I(0) i030409200.00
分子量 molecular_weight41098.0 kDa
排除体积 excluded_volume50991 ų
包络体积 envelope_volume57587 ų
水化壳体积 shell_volume23939 ų
包络直径 envelope_diameter61.3
壳层 Rg shell_rg26.72
包络 Rg envelope_rg19.50
形状 Rg shape_rg19.10
总 Rg total_rg20.16
总原子数 total_atoms2886
残基数 n_residues364
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.1
Rg (实空间) rg_real20.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real3.0410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30410000.0000
解质量估计 total_estimate0.9038
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.052
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9307000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.996

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2fpya_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family familyc.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2fpyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)