8k4f

DHODH in complex with compound A0

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k4f
沉积日期 deposition_date	2023-07-18
最后修订 last_revision	2024-05-29
结构标题 title	DHODH in complex with compound A0
关键词 keywords	Inhibitor, complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.18 Å
零角强度 I(0) i0	30429400.00
分子量 molecular_weight	41504.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51680 Å³
包络体积 envelope_volume	58488 Å³
水化壳体积 shell_volume	24195 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.79 Å
包络 Rg envelope_rg	19.56 Å
形状 Rg shape_rg	19.14 Å
总 Rg total_rg	20.24 Å
总原子数 total_atoms	2916
残基数 n_residues	365
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9000
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9451000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
分子量 formula_weight	39812.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3307

SATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	6-[bis(oxidanyl)methyl]-5~{H}-pyrimidine-2,4-dione
分子量 formula_weight	158.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	5-cyclopropyl-2-[1-[(2-fluorophenyl)methyl]pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	311

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.261 Å
晶胞边长 b length_b	91.261 Å
晶胞边长 c length_c	123.005 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.1562
R_work r_work	0.1539
R_free r_free	0.2038

fit	/app/data/saxs_computation/k4/8k4f/8k4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k4/8k4f/8k4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k4/8k4f/8k4f.dat