9bkn

DHODH in complex with Ligand 16

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bkn
沉积日期 deposition_date	2024-04-29
结构标题 title	DHODH in complex with Ligand 16
关键词 keywords	;Dihydroorotate dehydrogenase, DHODH, oxidoreductase, inhibitor, oxidoreductase-inhibitor complex, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.19 Å
零角强度 I(0) i0	30097200.00
分子量 molecular_weight	41317.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51446 Å³
包络体积 envelope_volume	58014 Å³
水化壳体积 shell_volume	24030 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.76 Å
包络 Rg envelope_rg	19.58 Å
形状 Rg shape_rg	19.16 Å
总 Rg total_rg	20.22 Å
总原子数 total_atoms	2905
残基数 n_residues	366
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9049
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.059
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8508000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
分子量 formula_weight	39782.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3414

GATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	OROTIC ACID
分子量 formula_weight	156.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2P,6P)-6-[4-ethyl-3-(hydroxymethyl)-5-oxo-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-1-yl]-7-fluoro-2-(2-methylphenyl)-4-(propan-2-yl)isoquinolin-1(2H)-one ;
分子量 formula_weight	436.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	376

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.744 Å
晶胞边长 b length_b	90.744 Å
晶胞边长 c length_c	122.457 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	78.620 Å
R 因子 r_factor	0.1299
R_work r_work	0.1288
R_free r_free	0.1520

fit	/app/data/saxs_computation/bk/9bkn/9bkn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/9bkn/9bkn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/9bkn/9bkn.dat