2g8i

B. halodurans RNase H catalytic domain D192N mutant in complex with Mn2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g8i
沉积日期 deposition_date	2006-03-02
结构标题 title	B. halodurans RNase H catalytic domain D192N mutant in complex with Mn2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site)
关键词 keywords	RNase H, Ribonuclease H, RNA/DNA hybrid, HYDROLASE-RNA-DNA COMPLEX; HYDROLASE/RNA/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.51 Å
零角强度 I(0) i0	8691240.00
分子量 molecular_weight	19464.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23353 Å³
包络体积 envelope_volume	26678 Å³
水化壳体积 shell_volume	14469 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.44 Å
包络 Rg envelope_rg	15.99 Å
形状 Rg shape_rg	15.48 Å
总 Rg total_rg	16.53 Å
总原子数 total_atoms	1349
残基数 n_residues	146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8780e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8691000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8094
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.300
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1248000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(UPCPGPAPCPA)-3'
分子量 formula_weight	1875.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1727

UCGACA

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APTPGPTPCPG)-3'
分子量 formula_weight	1824.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATGTCG

Entity 3 polymer

描述 description	Ribonuclease H
分子量 formula_weight	16329.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.4
突变 mutation	D192N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSHMAKEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus halodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2g8ia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2g8iA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.118 Å
晶胞边长 b length_b	37.084 Å
晶胞边长 c length_c	61.772 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2020

fit	/app/data/saxs_computation/g8/2g8i/2g8i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/2g8i/2g8i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/2g8i/2g8i.dat

B. halodurans RNase H catalytic domain D192N mutant in complex with Mn2+ and RNA/DNA hybrid (non-P nick at the active site)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)