SAXSdb — 2gde

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gde
沉积日期 deposition_date	2006-03-16
结构标题 title	Thrombin in complex with inhibitor
关键词 keywords	THROMBIN, COMPLEX STRUCTURE, BLOOD CLOTTING-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; BLOOD CLOTTING/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.87 Å
零角强度 I(0) i0	19747000.00
分子量 molecular_weight	33780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42263 Å³
包络体积 envelope_volume	47283 Å³
水化壳体积 shell_volume	21173 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.03 Å
包络 Rg envelope_rg	18.21 Å
形状 Rg shape_rg	17.86 Å
总 Rg total_rg	18.88 Å
总原子数 total_atoms	2371
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9038
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.491
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8167000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Thrombin light chain
分子量 formula_weight	4096.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	2450

TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

Entity 2 polymer

描述 description	Thrombin heavy chain
分子量 formula_weight	29780.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE

Entity 3 polymer

描述 description	Hirudin
分子量 formula_weight	1291.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DFEEIPGEYL

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;(R)-3-((2S,3R)-1-((2S,3AR,5S,6S,7AS)-2-(2-(1-CARBAMIMIDOYL-2,5-DIHYDRO-1H-PYRROL-3-YL)ETHYLCARBAMOYL)-5,6-DIHYDROXYOCTA HYDRO-1H-INDOL-1-YL)-3-CHLORO-4-METHYL-1-OXOPENTAN-2-YLAMINO)-2-METHOXY-3-OXOPROPYL HYDROGEN SULFATE ;
分子量 formula_weight	667.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gdeH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2gdeH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.084 Å
晶胞边长 b length_b	72.169 Å
晶胞边长 c length_c	70.357 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	69.500 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/gd/2gde/2gde.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gd/2gde/2gde.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gd/2gde/2gde.dat

Thrombin in complex with inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)