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2gsk

Structure of the BtuB:TonB Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 transporter btuB

Escherichia coli

UniProt P06129

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–614 未记录 protein TONB × 1 （P94739） CA CALCIUM ION × 2 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 OCT N-OCTANE × 3 HEX HEXANE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.1；288 K；30% (v/v) PEG 300, 0.1M sodium acetate , pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K, pH 5.10 分辨率 2.10 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2GSK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NQE OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI 提交 2003-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 3350, magnesium acetate, bis-tris, n-octyl tetraoxyethylene , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1NQF OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, METHIONINE SUBSTIUTION CONSTRUCT FOR SE-MET SAD PHASING 提交 2003-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
突变：W317M, K319M, T321M, W516M, I518M, Y520M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHELYENE, tris-(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.288
1NQG OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BOUND CALCIUM 提交 2003-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHYLENE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.31 Å R-free 0.259
1NQH OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BOUND CALCIUM AND CYANOCOBALAMIN (VITAMIN B12) SUBSTRATE 提交 2003-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHYLENE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.265
1UJW Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain 提交 2003-08-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–614（594 aa）
未记录 GP1 2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 LIM 3-OXO-PENTADECANOIC ACID × 2 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 AAE ACETOACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.75 Å R-free 0.293
2GUF In meso crystal structure of the cobalamin transporter, BtuB 提交 2006-04-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
未记录 MPG [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 11 FMT FORMIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.225
2YSU Structure of the complex between BtuB and Colicin E2 receptor binding domain 提交 2007-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–614（594 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.315
3M8B Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 in the apo state 提交 2010-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
突变：V10R1A C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 7 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；2.5% PEG3350,20 mM Bis Tris, 150 mM Magnesium acetate, 10 mM C8E4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.44 Å R-free 0.248
3M8D Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 with bound calcium and cyanocobalamin 提交 2010-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
突变：V10R1A CNC CYANOCOBALAMIN × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；2.5% PEG3350, 150 mM calcium chloride, 20 mM Bis tris, 10 mM C8E4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.44 Å R-free 0.275
3RGM Crystal structure of spin-labeled BtuB T156R1 提交 2011-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
突变：T156R1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 MG MAGNESIUM ION × 9 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；3.0% PEG3350, 200 mM magnesium acetate, 10mM C8E4, 20 mM Bis Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3RGN Crystal structure of spin-labeled BtuB W371R1 提交 2011-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–614（594 aa）
突变：W371R1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；3.0% PEG3350, 200 mM magnesium acetate, 10 mM C8E4, 20 mM Bis Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 21–614（594 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane
分辨率 4.70 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BTUB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–590； UniProt 25–614

protein TONB

Escherichia coli

UniProt P94739

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 153–233 片段：C-TERMINAL DOMAIN Vitamin B12 transporter btuB × 1 （P06129） CA CALCIUM ION × 2 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 OCT N-OCTANE × 3 HEX HEXANE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.1；288 K；30% (v/v) PEG 300, 0.1M sodium acetate , pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K, pH 5.10 分辨率 2.10 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2GSK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2GRX Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome 提交 2006-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 33–239（207 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DPO DIPHOSPHATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 EAP 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE × 1 FCI FERRICROCIN-IRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；8% polyethylene glycol 4000, 50 mM MES (pH 6.0), 75 mM NaCl, 5% glycerol, 0.7% C8E4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.329
2GRX Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome 提交 2006-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 33–239（207 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DPO DIPHOSPHATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 EAP 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE × 1 FCI FERRICROCIN-IRON × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；8% polyethylene glycol 4000, 50 mM MES (pH 6.0), 75 mM NaCl, 5% glycerol, 0.7% C8E4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.329

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TONB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–81； UniProt 153–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2gsk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2gsk
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2gsk
沉积日期 deposition_date2006-04-26
结构标题 titleStructure of the BtuB:TonB Complex
关键词 keywordsOUTER-MEMBRANE ACTIVE TRANSPORT, BETA-BARREL, TONB, MEMBRANE PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX; SIGNALING PROTEIN/MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.11 Å
零角强度 I(0) i092329100.00
分子量 molecular_weight76019.0 kDa
排除体积 excluded_volume95211 ų
包络体积 envelope_volume116240 ų
水化壳体积 shell_volume37069 ų
包络直径 envelope_diameter84.6 Å
壳层 Rg shell_rg33.90 Å
包络 Rg envelope_rg25.07 Å
形状 Rg shape_rg25.13 Å
总 Rg total_rg25.95 Å
总原子数 total_atoms5384
残基数 n_residues671
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.1 Å
Rg (实空间) rg_real25.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal92330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8802
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.5 Å
偏度 Skewness skewness0.213
峰度 Kurtosis kurtosis-0.276
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27730000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2gska_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.3 — Ligand-gated protein channel
结构域编号 domain_idd2gskb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.212 — TolA/TonB C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.212.1 — TolA/TonB C-terminal domain
家族 Family familyd.212.1.2 — TonB

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2gskA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — TonB-dependent receptor, plug domain
结构域编号 domain_id2gskA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain
结构域编号 domain_id2gskB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2420 — TolA/TonB C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — TonB
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)