SAXSdb — 2ix2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ix2
沉积日期 deposition_date	2006-07-05
结构标题 title	Crystal structure of the heterotrimeric PCNA from Sulfolobus solfataricus
关键词 keywords	REPLICATION, SULFOLOBUS SULFATARICUS, PCNA, DNA-BINDING, DNA REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.63 Å
零角强度 I(0) i0	92195200.00
分子量 molecular_weight	79199.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100510 Å³
包络体积 envelope_volume	135700 Å³
水化壳体积 shell_volume	34874 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.93 Å
包络 Rg envelope_rg	30.54 Å
形状 Rg shape_rg	31.63 Å
总 Rg total_rg	32.37 Å
总原子数 total_atoms	5581
残基数 n_residues	712
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	92200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9046
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	47.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.010
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.810
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP B
分子量 formula_weight	27569.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5701

MFKIVYPNAKDFFSFINSITNVTDSIILNFTEDGIFSRHLTEDKVLMAIMRIPKDVLSEYSIDSPTSVKLDVSSVKKILSKASSKKATIELTETDSGLKIIIRDEKSGAKSTIYIKAEKGQVEQLTEPKVNLAVNFTTDESVLNVIAADVTLVGEEMRISTEEDKIKIEAGEEGKRYVAFLMKDKPLKELSIDTSASSSYSAEMFKDAVKGLRGFSAPTMVSFGENLPMKIDVEAVSGGHMIFWIAPRL

来源 Source

来源生物 organism	SULFOLOBUS SOLFATARICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP C
分子量 formula_weight	27461.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKAKVIDAVSFSYILRTVGDFLSEANFIVTKEGIRVSGIDPSRVVFLDIFLPSSYFEGFEVSQEKEIIGFKLEDVNDILKRVLKDDTLILSSNESKLTLTFDGEFTRSFELPLIQVESTQPPSVNLEFPFKAQLLTITFADIIDELSDLGEVLNIHSKENKLYFEVIGDLSTAKVELSTDNGTLLEASGADVSSSYGMEYVANTTKMRRASDSMELYFGSQIPLKLRFKLPQEGYGDFYIAPRAD

来源 Source

来源生物 organism	SULFOLOBUS SOLFATARICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP A
分子量 formula_weight	29384.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIYLKSFERNIRLINMKVVYDDVRVLKDIIQALARLVDEAVLKFKQDSVELVALDRAHISLISVNLPREMFKEYDVNDEFKFGFNTQYLMKILKVAKRKEAIEIASESPDSVIINIIGSTNREFNVRNLEVSEQEIPEINLQFDISATISSDGFKSAISEVSTVTDNVVVEGHEDRILIKAEGESEVEVEFSKDTGGLQDLEFSKESKNSYSAEYLDDVLSLTKLSDYVKISFGNQKPLQLFFNMEGGGKVTYLLAPKV

来源 Source

来源生物 organism	SULFOLOBUS SOLFATARICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	120

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2ix2b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ix2b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ix2c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ix2c2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2ix2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ix2B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ix2C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.808 Å
晶胞边长 b length_b	78.798 Å
晶胞边长 c length_c	125.611 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.620 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/ix/2ix2/2ix2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ix/2ix2/2ix2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ix/2ix2/2ix2.dat

Crystal structure of the heterotrimeric PCNA from Sulfolobus solfataricus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)