SAXSdb — 2j7q

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j7q
沉积日期 deposition_date	2006-10-16
结构标题 title	;Crystal structure of the ubiquitin-specific protease encoded by murine cytomegalovirus tegument protein M48 in complex with a ubquitin-based suicide substrate ;
关键词 keywords	;HERPESVIRIDAE, NUCLEAR PROTEIN, COVALENT ENZYME-LIGAND COMPLEX, DEUBIQUITINATING ENZYME, HYDROLASE, PAPAIN-LIKE FOLD, CYSTEINE PROTEASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.87 Å
零角强度 I(0) i0	77722700.00
分子量 molecular_weight	68850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86066 Å³
包络体积 envelope_volume	106110 Å³
水化壳体积 shell_volume	33580 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.74 Å
包络 Rg envelope_rg	25.97 Å
形状 Rg shape_rg	25.82 Å
总 Rg total_rg	26.88 Å
总原子数 total_atoms	4793
残基数 n_residues	602
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9024
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	MCMV TEGUMENT PROTEIN M48 ENCODED UBIQUITIN- SPECIFIC PROTEASE, M48USP
分子量 formula_weight	25677.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5511

MKIVRASRDQSAPVYGPRAGSQCMSNCFTFLHTCYLMGIDPVLDTTSLDAVLDSGARLDAIADEKVKRQALTDHPYRLGTEIPTVIETPAGITGHALSRPFNGTAETQDLGGYKCLGILDFLTYARGKPLPVYIIVTVGVHTRGVIVARGATYVFDPHTTDLSAEAAVYVCDDFTEAISALSFFTEMIGDFYYDAVLVYFTRCRTTLISPSELLVQIMDQYKDPDIDASVMS

来源 Source

来源生物 organism	MURINE CYTOMEGALOVIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10366
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	UBIQUITIN
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	MCMV TEGUMENT PROTEIN M48 ENCODED UBIQUITIN- SPECIFIC PROTEASE, M48USP
分子量 formula_weight	25686.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKIVRASRDQSAPVYGPRAGSQCMSNCFTFLHTCYLMGIDPVLDTTSLDAVLDSGARLDAIADEKVKRQALTDHPYRLGTEIPTVIETPAGITGHALSRPFNGTAETQDLGGYKCLGILDFLTYARGKPLPVYIIVTVGVFTRGVIVARGATYVFDPHTTDLSAEAAVYVCDDFTEAISALSFFTEMIGDFYYDAVLVYFTRCRTTLISPSELLVQIMDQYKDPDIDASVMS

来源 Source

来源生物 organism	MURINE CYTOMEGALOVIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10366
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	METHYL 4-AMINOBUTANOATE
分子量 formula_weight	117.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	707

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2j7qa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.20 — M48USP-like

结构域编号 domain_id	d2j7qb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2j7qc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.20 — M48USP-like

结构域编号 domain_id	d2j7qd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2j7qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2j7qB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2j7qC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2j7qD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.907 Å
晶胞边长 b length_b	57.298 Å
晶胞边长 c length_c	67.279 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.37 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.54 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1570
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/j7/2j7q/2j7q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j7/2j7q/2j7q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j7/2j7q/2j7q.dat

;Crystal structure of the ubiquitin-specific protease encoded by murine cytomegalovirus tegument protein M48 in complex with a ubquitin-based suicide substrate ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)