2jkt

AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 16 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2A2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 A； PDB构建体 273–621； UniProt 272–620 作者链 L； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 L； PDB构建体 273–621； UniProt 272–620

AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1

HOMO SAPIENS

UniProt P63010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 16 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–591； UniProt 1–591 作者链 E； PDB构建体 1–591； UniProt 1–591

AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1

MUS MUSCULUS

UniProt P62743

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 16 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2S1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 S； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1

RATTUS NORVEGICUS

UniProt P84092

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） CD4 PEPTIDE × 1 （B0AZV7） SULFATE ION × 16 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2M1_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–435； UniProt 1–435 作者链 U； PDB构建体 1–435； UniProt 1–435

CD4 PEPTIDE

物种未注明

UniProt B0AZV7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） SULFATE ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2 × 1 （P17427） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1 × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1 × 1 （P62743） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1 × 1 （P84092） SULFATE ION × 16 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B0AZV7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–11； UniProt 252–262 作者链 Q； PDB构建体 1–11； UniProt 252–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jkt
沉积日期 deposition_date	2008-08-29
结构标题 title	AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant
关键词 keywords	;ALTERNATIVE SPLICING, PHOSPHOPROTEIN, PHOSPHORYLATION, PROTEIN TRANSPORT, ADAPTOR, MEMBRANE, TRANSPORT, COATED PIT, ENDOCYTOSIS, CELL MEMBRANE, LIPID-BINDING ;; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2jkt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2jkt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2jkt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.20 Å
Rg（电子密度）	39.42 Å
总 Rg	39.92 Å
原子数	14048
残基数	1751
排除体积	252570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2jkt__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2jkt__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2
分子量 formula_weight	69786.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L
原子数 atom_count	28120

MPAVSKGDGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAVNLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDTMDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSASTDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHDSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSNAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAKTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQDVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKGGS

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1
分子量 formula_weight	66953.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1
分子量 formula_weight	17038.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,S

MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAYLEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1
分子量 formula_weight	49726.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,U

MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIGWRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLKVRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	CD4 PEPTIDE
分子量 formula_weight	1444.6 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

RMSEIKRLLSE

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2jktA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2jktB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2jktE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2jktI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2jktL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2jktM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2jktM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	2jktM03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	2jktS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2jktU01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2jktU02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

结构域编号 domain_id	2jktU03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — Mu homology domain, subdomain B

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晶胞边长 a length_a	171.200 Å
晶胞边长 b length_b	171.200 Å
晶胞边长 c length_c	324.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.700 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2560

AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 COMPLEX SUBUNIT ALPHA-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD4 PEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2jkt__assembly_1__model_1

2jkt__assembly_1__model_1 | I(q)

2jkt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)