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2k01

Structure of a locked SDF1 dimer

Method: SOLUTION NMR Dmax: 50.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stromal cell-derived factor 1

Homo sapiens

UniProt P48061

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–89 链 C； UniProt 22–89 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain 突变：L36C,A65C 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.620 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K01 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A15 SDF-1ALPHA 提交 1997-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–88（67 aa）
链 B 22–88（67 aa）
突变：N33A 突变：N33A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 10MG/ML. WELL SOLUTION 1.9M AMMONIUM SULFATE 0.1M TRIS-HCL PH 8.5. CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION., vapor diffusion
分辨率 2.20 Å R-free 0.298
1QG7 STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) 提交 1999-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–88（67 aa）
链 B 22–88（67 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1SDF SOLUTION STRUCTURE OF STROMAL CELL-DERIVED FACTOR-1 (SDF-1), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–88（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.9；303 K
分辨率未提供
1VMC STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) 提交 2004-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–89（68 aa） 片段：SDF-1ALPHA (residues 22-89)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
2J7Z Crystal Structure of recombinant Human Stromal Cell-Derived Factor- 1alpha 提交 2006-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–89（68 aa） 片段：RESIDUES 22-89
链 B 22–89（68 aa） 片段：RESIDUES 22-89
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å R-free 0.247
2K03 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing a sulfotyrosine at postition 21 提交 2008-01-24 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .970 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K04 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing no sulfotyrosines 提交 2008-01-24 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成 .31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .775 mM CXCR4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.625 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K05 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing sulfotyrosines at postitions 7, 12 and 21 提交 2008-01-24 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .97 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KEC Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–89（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.56 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KED Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–89（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.001；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KEE Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–89（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.001 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.2 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KOL Solution structure of human SDF1-alpha H25R 提交 2009-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–89（68 aa） 片段：SDF-1-alpha, residues 22-89
突变：H25R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT
NMR样品组成 3.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SDF1a H25R, 25 mM [U-99% 2H] MES, 0.02 % sodium azide, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N55 Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus 提交 2015-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–89（68 aa）
突变：L76C, I79C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 25 mM [U-2H] MES, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 2 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 10 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM protein_1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NWG Structure of CXCL12:heparin disaccharide complex 提交 2006-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–88（67 aa） 片段：residues 22-88
链 B 22–88（67 aa） 片段：residues 22-88
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Soaking；pH 8.5；298 K；Grown in 2M Ammonium Sulfate, 0.1M TrisHCl pH 8.50. Soaked in 20 mM PEG-8000, 1M TrisHCl pH 8.5, 16 mM disaccharide. , Soaking, temperature 298K
分辨率 2.07 Å R-free 0.265
2SDF SOLUTION NMR STRUCTURE OF STROMAL CELL-DERIVED FACTOR-1 (SDF-1), 30 STRUCTURES 提交 1998-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–88（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.9；303 K
分辨率未提供
4LMQ Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12 提交 2013-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 29–89（61 aa） 片段：UNP RESIDUES 29-89
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.77 Å R-free 0.301
4LMQ Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12 提交 2013-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 29–89（61 aa） 片段：UNP RESIDUES 29-89
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.77 Å R-free 0.301
4UAI Crystal structure of CXCL12 in complex with inhibitor 提交 2014-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
链 B 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
未记录 3GG 1-phenyl-3-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]urea × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2 M AmSO4, 2% MPD, 0.1 M MES Sodium Salt pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.235
6SHR X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS (CFPS) PRODUCED SDF1-A 提交 2019-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–89（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) isopropanol and 20 % (w/v) PEG 4000
分辨率 1.75 Å R-free 0.239
7SK3 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12, an intracellular Fab, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
未记录 CLR CHOLESTEROL × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7SK4 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ, an intracellular Fab, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–89（68 aa）
突变：N-terminus of CXCL12 (KPV) substituted with LRHQ CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SK5 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12 and an intracellular Fab 提交 2021-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
未记录 CLR CHOLESTEROL × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7SK6 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ and an intracellular Fab 提交 2021-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 22–89（68 aa）
突变：N-terminus of CXCL12 (KPV) substituted with LRHQ 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7SK7 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
未记录 GJ9 (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SK8 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, an extracellular Fab, and an intracellular Fab 提交 2021-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
未记录 CLR CHOLESTEROL × 6 LMN Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 GJ9 (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8K3Z Cryo-EM structure of CXCR4 in complex with CXCL12 提交 2023-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 22–83（62 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
8U4O Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 J 22–89（68 aa） 片段：UNP residues 22-89
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
9E82 ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with arrestin2 and Fab7 提交 2024-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 25–89（65 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9ME1 hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 F 22–93（72 aa）
链 G 22–93（72 aa）
链 H 22–93（72 aa）
链 J 22–93（72 aa）
链 M 22–93（72 aa）
链 N 22–93（72 aa）
链 O 22–93（72 aa）
链 P 22–93（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9MEU CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers 提交 2024-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 22–93（72 aa）
链 G 22–93（72 aa）
链 H 22–93（72 aa）
链 J 22–93（72 aa）
链 M 22–93（72 aa）
链 N 22–93（72 aa）
链 O 22–93（72 aa）
链 P 22–93（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9UPU Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with agonist SDV1a 提交 2025-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 22–29（8 aa） 片段：N-terminus
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9UPV Cryo-EM structure of CXCR4 complexed with agonist SDVX1 提交 2025-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 22–29（8 aa） 片段：N-terminus
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å

共 31 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–70； UniProt 22–89 作者链 C； PDB构建体 3–70； UniProt 22–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k01

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k01
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k01
沉积日期 deposition_date2008-01-23
结构标题 titleStructure of a locked SDF1 dimer
关键词 keywords;stromal cell derived factor-1, SDF1-alpha, CXCL12, chemokine, sulfotyrosine, locked dimer, Alternative splicing, Chemotaxis, Cytokine, Growth factor, Secreted ;; CYTOKINE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.53 Å
零角强度 I(0) i01404280000.00
分子量 molecular_weight319440.0 kDa
排除体积 excluded_volume401700 ų
包络体积 envelope_volume38683 ų
水化壳体积 shell_volume18646 ų
包络直径 envelope_diameter55.6 Å
壳层 Rg shell_rg23.57 Å
包络 Rg envelope_rg17.13 Å
形状 Rg shape_rg14.54 Å
总 Rg total_rg14.62 Å
总原子数 total_atoms45460
残基数 n_residues2720
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.2 Å
Rg (实空间) rg_real14.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1404000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8638
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.021
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha703600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2k01a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd2k01c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2k01A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id2k01C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)