2k6d

CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin

Method: SOLUTION NMR
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 domain-containing kinase-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96B97

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Ubiquitin × 1 (P62988) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SH3K1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–62; UniProt 267–328

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P62988

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 SH3 domain-containing kinase-binding protein 1 × 1 (Q96B97) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBIQ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–75; UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k6d
沉积日期 deposition_date2008-07-07
结构标题 titleCIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin
关键词 keywords;CIN85, SH3 domain, ubiquitin, Alternative splicing, Apoptosis, Cell junction, Coiled coil, Cytoplasm, Cytoplasmic vesicle, Cytoskeleton, Endocytosis, Membrane, Phosphoprotein, Polymorphism, SH3-binding, Synapse, Synaptosome, Ubl conjugation, Nucleus, SH3 DOMAIN-UBIQUITIN COMPLEX ;; SH3 DOMAIN/UBIQUITIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2k6d__assembly_1__model_7

Assembly 1 · Model 7 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2k6d__assembly_1__model_7 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2k6d__assembly_1__model_7 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.97 Å
Rg(电子密度)15.70 Å
总 Rg16.87 Å
原子数2232
残基数138
排除体积19861 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2k6d__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2k6d__assembly_1__model_2 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2k6d__assembly_1__model_3 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2k6d__assembly_1__model_4 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2k6d__assembly_1__model_5 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2k6d__assembly_1__model_6 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2k6d__assembly_1__model_7 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2k6d__assembly_1__model_8 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2k6da_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2k6db2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd2k6db3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2k6dA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id2k6dB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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7. 引用文献 (1)