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2kxx

NMR Structure of Escherichia coli BamE, a Lipoprotein Component of the beta-Barrel Assembly Machinery Complex

Method: SOLUTION NMR Dmax: 66.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small protein A

Escherichia coli K-12

UniProt P0A937

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–113 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E. coli protein, 15 % D2O, 85 % H2O, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 85% H2O/15% D2O | 85% H2O/15% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KXX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KM7 Solution Structure of BamE, a component of the outer membrane protein assembly machinery in Escherichia coli 提交 2009-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–114（94 aa）
突变：C20S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；压力 ambient
NMR样品组成 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BamE, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2YH9 Crystal structure of the dimeric BamE from E. coli 提交 2011-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–113（80 aa） 片段：RESIDUES 34-113
链 B 34–113（80 aa） 片段：RESIDUES 34-113
链 C 34–113（80 aa） 片段：RESIDUES 34-113
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；30% PEG 4000, 10% I-PROH, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
5AYW Structure of a membrane complex 提交 2015-09-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 20–113（94 aa） 片段：UNP residues 20-113
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；Tris-HCl, NaCl, PEG 400
分辨率 3.56 Å R-free 0.314
5D0O BamABCDE complex, outer membrane beta barrel assembly machinery entire complex 提交 2015-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH7.5, 30% PEG600, CYMAL-4
分辨率 2.90 Å R-free 0.304
5D0Q BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 2–113（112 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；297 K；0.1 M Tris, pH8.0, 0.1 M MgCl2, 24% PEG500 MME.
分辨率 3.50 Å R-free 0.340
5D0Q BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 2–113（112 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；297 K；0.1 M Tris, pH8.0, 0.1 M MgCl2, 24% PEG500 MME.
分辨率 3.50 Å R-free 0.340
5EKQ The structure of the BamACDE subcomplex from E. coli 提交 2015-11-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 20–113（94 aa） 片段：UNP residues 20-113
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, and 8% PEG 4000
分辨率 3.39 Å R-free 0.281
6LYQ Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；27-30% PEG 400, 100mM NaCl
分辨率 3.19 Å R-free 0.293
6LYR Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；27-30% PEG 400, 100mM NaCl
分辨率 3.28 Å R-free 0.280
6LYS Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；27-30% PEG 400, 100mM NaCl
分辨率 3.05 Å R-free 0.284
6LYU Structure of the BAM complex 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7BNQ Lateral-closed conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) by cryoEM 提交 2021-01-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7NBX Lateral-open conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) by cryoEM 提交 2021-01-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7NCS Lateral-open conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) bound by a bactericidal Fab fragment 提交 2021-01-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
7ND0 lateral-open conformation of the wild-type BAM complex (BamABCDE) bound to a bactericidal Fab fragment 提交 2021-01-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
7NRI Structure of the darobactin-bound E. coli BAM complex (BamABCDE) 提交 2021-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4microL of sample applied
分辨率 3.03 Å
7R1W E. coli BAM complex (BamABCDE) bound to dynobactin A 提交 2022-02-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.05% (w/v) n-dodecyl Beta-D-maltopyranoside (DDM)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7YE4 BAM-EspP complex structure with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C and A1043C mutations in nanodisc 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8；20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7YE6 BAM-EspP complex structure with BamA-N427C/EspP-R1297C mutations in nanodisc 提交 2022-07-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8；20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8ADG Cryo-EM structure of Darobactin 22 bound BAM complex 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.00 Å
8ADI Cryo-EM structure of Darobactin 9 bound BAM complex 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
8BNZ BAM-EspP complex structure with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc 提交 2022-11-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8BO2 BAM-EspP complex structure with BamA-S425C/EspP-S1299C mutations in nanodisc 提交 2022-11-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8BVQ E. coli BAM complex (BamABCDE) bound to darobactin B 提交 2022-12-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8PZ1 Wait Complex: Lateral open BAM bound Compact SurA 提交 2023-07-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8PZ2 Wait Complex: Lateral open BAM bound Extended SurA 提交 2023-07-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8PZU Wait Complex: BAM bound Darobactin-B and Compact SurA 提交 2023-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8PZV Wait Complex: BAM bound Darobactin-B and Extended SurA 提交 2023-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8Q0G Release Complex: BAM bound EspP and Compact SurA 提交 2023-07-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8QN4 Structure of the BAM-EspP complex in an open EspP intermediate state 提交 2023-09-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8QP5 Release Complex: BAM bound EspP (SurA released) 提交 2023-09-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8QPU Release Complex: BAM bound EspP and Extended SurA 提交 2023-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
8QPV Handover Complex: BAM bound OmpX and extended SurA 提交 2023-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8QPW Arrival Complex: Lateral open BAM bound extended SurA plus OmpX 提交 2023-10-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
9H85 BAM-hinge (GSGS) 提交 2024-10-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9H89 BAM-hinge (LVPR) suppressor (T434A) 提交 2024-10-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9HE1 Structure of the Xenorceptide A2-bound E. coli BAM complex (BamABCDE) 提交 2024-11-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；25 mM NaPi, 100 mM NaCl, pH 7.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3.5uL sample, blot time 3sec, Blotforce 1, Blot total 1,
分辨率 3.00 Å
9HG5 BAM-SurA complex in the swing-in state with full length BamC resolved 提交 2024-11-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
9HG6 BAM-SurA complex in the swing-in state 提交 2024-11-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
9HG7 BAM-SurA complex in the swing-out state 提交 2024-11-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9HG8 BAM-SurA complex in the swing-out state with BamC resolved 提交 2024-11-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9HG9 BAM-SurA-darobactin complex in the swing-in state 提交 2024-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9HGA BAM-SurA-darobactin complex in the swing-out state 提交 2024-11-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9MGE beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in an early state of substrate assembly 提交 2024-12-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9MGF beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in a middle state of substrate assembly 提交 2024-12-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 E 20–113（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9MGG beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in a late state of substrate assembly 提交 2024-12-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9P1U beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in an late state of LptD assembly 提交 2025-06-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å

共 46 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMPA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–97； UniProt 21–113

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kxx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kxx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kxx
沉积日期 deposition_date2010-05-13
结构标题 titleNMR Structure of Escherichia coli BamE, a Lipoprotein Component of the beta-Barrel Assembly Machinery Complex
关键词 keywordsE coli protein, lipoprotein, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.51 Å
零角强度 I(0) i0687560000.00
分子量 molecular_weight213880.0 kDa
排除体积 excluded_volume264770 ų
包络体积 envelope_volume60200 ų
水化壳体积 shell_volume21665 ų
包络直径 envelope_diameter72.3 Å
壳层 Rg shell_rg30.43 Å
包络 Rg envelope_rg25.27 Å
形状 Rg shape_rg16.45 Å
总 Rg total_rg17.12 Å
总原子数 total_atoms29700
残基数 n_residues1940
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.3 Å
Rg (实空间) rg_real17.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal687500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7386
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.7 Å
偏度 Skewness skewness0.704
峰度 Kurtosis kurtosis0.204
角度范围 angular_range— – 0.4650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha365500.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.445; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.289; Smooth: 0.974
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kxxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1450 — Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)