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2le4

Solution structure of the HMG box DNA-binding domain of human stem cell transcription factor Sox2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 43.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SOX-2

Homo sapiens

UniProt P48431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 39–118 片段：HMG box DNA binding residues 39-118 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sox2, 7 % DTT, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LE4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1O4X TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT 提交 2003-07-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 39–121（83 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
6T7B Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 36–121（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
分辨率 5.10 Å
6T90 OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2019-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 37–118（82 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
6WX7 SOX2 bound to Importin-alpha 2 提交 2020-05-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–127（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；750mM sodium citrate (pH7), 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.227
6WX8 SOX2 bound to Importin-alpha 3 提交 2020-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–127（89 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.245
6WX8 SOX2 bound to Importin-alpha 3 提交 2020-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 39–127（89 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.245
6WX9 SOX2 bound to Importin-alpha 5 提交 2020-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–127（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M sodium/potassium phosphate, 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.251
6YOV OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 提交 2020-04-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 37–118（82 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
9QPF Solution structure of Sox2 DBD 提交 2025-03-27 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–127（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.3；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 5 % v/v pentaethylene glycol monodecyl/n-Hexanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9RL4 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2025-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 W 37–118（82 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 16 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9RMC Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 1 提交 2025-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 W 37–118（82 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9RN1 Structure of BAF-nucleosome complex with OCT4-SOX2 at SHL+6 in ADP-bound state, BAF47 bound to ATPase lobe 2 提交 2025-06-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 W 37–118（82 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
9RN2 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2 提交 2025-06-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 W 37–118（82 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOX2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–81； UniProt 39–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2le4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2le4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2le4
沉积日期 deposition_date2011-06-06
结构标题 titleSolution structure of the HMG box DNA-binding domain of human stem cell transcription factor Sox2
关键词 keywordsStructural Genomics, Protein Structure Initiative, PSI, Center for Eukaryotic Structural Genomics, TRANSCRIPTION, CESG; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.28 Å
零角强度 I(0) i0602074000.00
分子量 molecular_weight198150.0 kDa
排除体积 excluded_volume245930 ų
包络体积 envelope_volume57176 ų
水化壳体积 shell_volume21733 ų
包络直径 envelope_diameter77.0 Å
壳层 Rg shell_rg29.08 Å
包络 Rg envelope_rg24.03 Å
形状 Rg shape_rg16.25 Å
总 Rg total_rg16.79 Å
总原子数 total_atoms28300
残基数 n_residues1620
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.3 Å
Rg (实空间) rg_real14.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.08 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal602100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6871
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary17.2 Å
偏度 Skewness skewness0.333
峰度 Kurtosis kurtosis-0.355
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.1120
最高正则化参数 α highest_alpha206700.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.004; Oscil: 0.988; Stabil: 0.990; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2le4a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.21 — HMG-box
超家族 Superfamily superfamilya.21.1 — HMG-box
家族 Family familya.21.1.1 — HMG-box
结构域编号 domain_idd2le4a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2le4A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — High mobility group box domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)