2nti

Crystal structure of PCNA123 heterotrimer.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp B

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） DNA polymerase sliding clamp A × 1 （P57765） BROMIDE ION × 24 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） DNA polymerase sliding clamp A × 1 （P57765） BROMIDE ION × 17 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） DNA polymerase sliding clamp A × 1 （P57765） BROMIDE ION × 13 POTASSIUM ION × 1 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA2_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 G； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

DNA polymerase sliding clamp C

Sulfolobus solfataricus

UniProt Q97Z84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp A × 1 （P57765） BROMIDE ION × 24 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp A × 1 （P57765） BROMIDE ION × 17 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp A × 1 （P57765） BROMIDE ION × 13 POTASSIUM ION × 1 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA3_SULSO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–246； UniProt 1–245 作者链 E； PDB构建体 2–246； UniProt 1–245 作者链 H； PDB构建体 2–246； UniProt 1–245

DNA polymerase sliding clamp A

Sulfolobus solfataricus

UniProt P57765

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） BROMIDE ION × 24 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） BROMIDE ION × 17 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase sliding clamp B × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp C × 1 （Q97Z84） BROMIDE ION × 13 POTASSIUM ION × 1 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA1_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 F； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 I； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nti
沉积日期 deposition_date	2006-11-07
结构标题 title	Crystal structure of PCNA123 heterotrimer.
关键词 keywords	protein-protein interaction, PCNA123 heterotrimer, PCNA12 heterodimer, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nti__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nti__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nti__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.66 Å
Rg（电子密度）	31.47 Å
总 Rg	32.24 Å
原子数	5817
残基数	737
排除体积	104860 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2nti__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2nti__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2nti__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp B
分子量 formula_weight	27521.7 kDa
突变 mutation	F2V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,G
原子数 atom_count	18488

MVKIVYPNAKDFFSFINSITNVTDSIILNFTEDGIFSRHLTEDKVLMAIMRIPKDVLSEYSIDSPTSVKLDVSSVKKILSKASSKKATIELTETDSGLKIIIRDEKSGAKSTIYIKAEKGQVEQLTEPKVNLAVNFTTDESVLNVIAADVTLVGEEMRISTEEDKIKIEAGEEGKRYVAFLMKDKPLKELSIDTSASSSYSAEMFKDAVKGLRGFSAPTMVSFGENLPMKIDVEAVSGGHMIFWIAPRL

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp C
分子量 formula_weight	27592.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B,H

MMKAKVIDAVSFSYILRTVGDFLSEANFIVTKEGIRVSGIDPSRVVFLDIFLPSSYFEGFEVSQEKEIIGFKLEDVNDILKRVLKDDTLILSSNESKLTLTFDGEFTRSFELPLIQVESTQPPSVNLEFPFKAQLLTITFADIIDELSDLGEVLNIHSKENKLYFEVIGDLSTAKVELSTDNGTLLEASGADVSSSYGMEYVANTTKMRRASDSMELYFGSQIPLKLRFKLPQEGYGDFYIAPRAD

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp A
分子量 formula_weight	27489.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C,I

MKVVYDDVRVLKDIIQALARLVDEAVLKFKQDSVELVALDRAHISLISVNLPREMFKEYDVNDEFKFGFNTQYLMKILKVAKRKEAIEIASESPDSVIINIIGSTNREFNVRNLEVSEQEIPEINLQFDISATISSDGFKSAISEVSTVTDNVVVEGHEDRILIKAEGESEVEVEFSKDTGGLQDLEFSKESKNSYSAEYLDDVLSLTKLSDYVKISFGNQKPLQLFFNMEGGGKVTYLLAPKV

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL
分子量 formula_weight	384.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1046

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2ntib1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntib2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntic1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntic2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntie1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntie2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntif1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntif2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntih1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntih2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntii1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ntii2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2ntiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ntiI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	148.140 Å
晶胞边长 b length_b	222.330 Å
晶胞边长 c length_c	80.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2113
R_work r_work	0.2139
R_free r_free	0.2505

Crystal structure of PCNA123 heterotrimer.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase sliding clamp C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase sliding clamp A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nti__assembly_1__model_1

2nti__assembly_1__model_1 | I(q)

2nti__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PCNA123 heterotrimer.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nti__assembly_1__model_1

2nti__assembly_1__model_1 | I(q)

2nti__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)