2o93

Crystal structure of NFAT bound to the HIV-1 LTR tandem kappaB enhancer element

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

actor of activated T-cells, cytoplasmic 2

Homo sapiens

UniProt Q13469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 L; UniProt 392–678 链 M; UniProt 392–678 链 O; UniProt 392–678 片段:RHR domain kappaB enhancer element, DNA 25-mer × 1 kappaB enhancer element, DNA 25-mer × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;50mM Hepes pH 7.0, 15mM Magnesium Acetate, 250mM Ammonium Acetate, 7.5% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFAC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 15–301; UniProt 392–678 作者链 M; PDB构建体 15–301; UniProt 392–678 作者链 O; PDB构建体 15–301; UniProt 392–678

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2o93

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2o93
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2o93
沉积日期 deposition_date2006-12-13
结构标题 titleCrystal structure of NFAT bound to the HIV-1 LTR tandem kappaB enhancer element
关键词 keywordsIG domain; Protein-DNA complex; double helix, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.66
零角强度 I(0) i0236737000.00
分子量 molecular_weight112670.0 kDa
排除体积 excluded_volume136170 ų
包络体积 envelope_volume196920 ų
水化壳体积 shell_volume44087 ų
包络直径 envelope_diameter135.4
壳层 Rg shell_rg42.76
包络 Rg envelope_rg37.71
形状 Rg shape_rg38.69
总 Rg total_rg38.83
总原子数 total_atoms7866
残基数 n_residues908
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.5
Rg (实空间) rg_real37.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.49
I(0) (实空间) i0_real2.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal236700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8976
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.5
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.529
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12040000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd2o93l1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2o93l2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd2o93m1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2o93m2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd2o93m3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2o93o1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2o93o2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2o93L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2o93L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2o93M01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2o93M02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2o93O01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2o93O02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)