SAXSdb — 2os6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 12

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–151	片段：PDZ domain	C-terminal peptide of Plexin-B1 × 1 （O43157）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成：0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O \| 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OS6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TXD Crystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF 提交 2004-07-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 764–1138（375 aa）片段：DH/PH domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.13 Å R-free 0.274
1X86 Crystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF in complex with RhoA 提交 2004-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 764–1138（375 aa）片段：DH/PH domains	突变：Tyr973Phe	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；PEG8K, sodium phosphate, sodium chloride, EDTA, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.22 Å R-free 0.279
1X86 Crystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF in complex with RhoA 提交 2004-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 764–1138（375 aa）片段：DH/PH domains	突变：Tyr973Phe	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；PEG8K, sodium phosphate, sodium chloride, EDTA, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.22 Å R-free 0.279
1X86 Crystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF in complex with RhoA 提交 2004-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 764–1138（375 aa）片段：DH/PH domains	突变：Tyr973Phe	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；PEG8K, sodium phosphate, sodium chloride, EDTA, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.22 Å R-free 0.279
1X86 Crystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF in complex with RhoA 提交 2004-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 764–1138（375 aa）片段：DH/PH domains	突变：Tyr973Phe	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；PEG8K, sodium phosphate, sodium chloride, EDTA, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.22 Å R-free 0.279
2OMJ solution structure of LARG PDZ domain 提交 2007-01-22	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–151（85 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 1.3mM LARG PDZ domain, 15N, 13C-labeled, 5mM EDTA, 1mM EDTA, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 1.3mM LARG PDZ domain, 15N, 13C-labeled, 5mM EDTA, 1mM EDTA, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O \| 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARHGC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–89； UniProt 67–151

C-terminal peptide of Plexin-B1

物种未注明

UniProt O43157

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2128–2135	未记录	Rho guanine nucleotide exchange factor 12 × 1 （Q9NZN5）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成：0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O \| 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OS6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JPH NMR solution structure of the Rho GTPase binding domain of human plexin-b1 提交 2007-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Sequence database residues 1743-1862	突变：W1830F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90%H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2R2O Crystal structure of the effector domain of human Plexin B1 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Effector domain: Residues 1743-1862 链 B 1743–1862（120 aa）片段：Effector domain: Residues 1743-1862	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；2.6M Sodium chloride, 18% Ethylene glycol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 60 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3HM6 Crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin B1 提交 2009-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1511–2135（625 aa）片段：Cytoplasmic domain (UNP residues 1511-2135)	突变：S1625T	UNX UNKNOWN LIGAND × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% peg-2000 mme, 0.1M TRIS, 0.2M TMAO, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
3OL2 Receptor-ligand structure of Human Semaphorin 4D with Plexin B1. 提交 2010-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–535（516 aa）片段：Extracellular domainsl (1-2)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.1 M Tris,0.2 M calcium acetate, 6% v/v glycerol, 20% PEG3000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.99 Å R-free 0.237
3SU8 Crystal structure of a truncated intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1533–2135（603 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135 链 E 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135 链 F 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–535（517 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–535（517 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
7VG7 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m6A9 peptide 提交 2021-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–535（517 aa）	突变：T19S	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES or HEPES, 14-16% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8B3K Crystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state 提交 2022-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–535（516 aa）链 B 20–535（516 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 14 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；1.0 M sodium acetate, 0.2 M cadmium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.69 Å R-free 0.245

共 11 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLXB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–8； UniProt 2128–2135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2os6
沉积日期 deposition_date	2007-02-05
结构标题 title	Solution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal octa-peptide of Plexin B1
关键词 keywords	nerve system development, cytoskeleton rearrangement, cell adhesion; CELL ADHESION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.48 Å
零角强度 I(0) i0	619910000.00
分子量 molecular_weight	205520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	255990 Å³
包络体积 envelope_volume	30665 Å³
水化壳体积 shell_volume	15470 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.85 Å
包络 Rg envelope_rg	17.66 Å
形状 Rg shape_rg	13.46 Å
总 Rg total_rg	13.76 Å
总原子数 total_atoms	29220
残基数 n_residues	1940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.0 Å
Rg (实空间) rg_real	14.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	619900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7058
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.044
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	239500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.433; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2os6A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Rho guanine nucleotide exchange factor 12
分子量 formula_weight	9369.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29220

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	C-terminal peptide of Plexin-B1
分子量 formula_weight	918.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/os/2os6/2os6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/os/2os6/2os6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/os/2os6/2os6.dat

Solution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal octa-peptide of Plexin B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-terminal peptide of Plexin-B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)