2otk

Structure of Alzheimer Ab peptide in complex with an engineered binding protein

Method: SOLUTION NMR
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amyloid beta A4 protein

物种未注明

UniProt P05067

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 ZAb3 Affibody dimer × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–40; UniProt 672–711

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2otk
沉积日期 deposition_date2007-02-08
结构标题 titleStructure of Alzheimer Ab peptide in complex with an engineered binding protein
关键词 keywordsprotein-peptide complex, beta-hairpin, intermolecular beta-sheet, DE NOVO PROTEIN, PEPTIDE BINDING PROTEIN; DE NOVO PROTEIN, PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2otk__assembly_1__model_8

Assembly 1 · Model 8 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2otk__assembly_1__model_8 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2otk__assembly_1__model_8 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)14.64 Å
Rg(电子密度)12.99 Å
总 Rg14.27 Å
原子数1655
残基数111
排除体积14811 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2otk__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2otk__assembly_1__model_2 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2otk__assembly_1__model_3 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2otk__assembly_1__model_4 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2otk__assembly_1__model_5 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2otk__assembly_1__model_6 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2otk__assembly_1__model_7 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2otk__assembly_1__model_8 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2otk__assembly_1__model_9 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2otk__assembly_1__model_10 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 11 2otk__assembly_1__model_11 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 12 2otk__assembly_1__model_12 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 13 2otk__assembly_1__model_13 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 14 2otk__assembly_1__model_14 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 15 2otk__assembly_1__model_15 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 16 2otk__assembly_1__model_16 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 17 2otk__assembly_1__model_17 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 18 2otk__assembly_1__model_18 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 19 2otk__assembly_1__model_19 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 20 2otk__assembly_1__model_20 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 21 2otk__assembly_1__model_21 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 22 2otk__assembly_1__model_22 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 23 2otk__assembly_1__model_23 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 24 2otk__assembly_1__model_24 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2otke_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.1 — Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains
家族 Family familya.8.1.1 — Immunoglobulin-binding protein A modules
结构域编号 domain_idd2otkf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.1 — Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains
家族 Family familya.8.1.1 — Immunoglobulin-binding protein A modules

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2otkE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Immunoglobulin FC, subunit C
结构域编号 domain_id2otkF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Immunoglobulin FC, subunit C
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7. 引用文献 (2)