2pyi

Crystal structure of Glycogen Phosphorylase in complex with glucosyl triazoleacetamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase, muscle form

物种未注明

UniProt P00489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–843 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) DL8 N-[(4-PHENYL-1H-1,2,3-TRIAZOL-1-YL)ACETYL]-BETA-D-GLUCOPYRANOSYLAMINE × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 20 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SMALL TUBES;pH 6.7;289 K;10 MM BES BUFFER, 0.1 MM EDTA, 0.02% NAN3, 3 MM DTT, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K 分辨率 1.88 Å R-free 0.238
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–843 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) DL8 N-[(4-PHENYL-1H-1,2,3-TRIAZOL-1-YL)ACETYL]-BETA-D-GLUCOPYRANOSYLAMINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SMALL TUBES;pH 6.7;289 K;10 MM BES BUFFER, 0.1 MM EDTA, 0.02% NAN3, 3 MM DTT, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K 分辨率 1.88 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 229 个其他 PDB 条目、260 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYGM_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–843; UniProt 1–843

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2pyi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2pyi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2pyi
沉积日期 deposition_date2007-05-16
结构标题 titleCrystal structure of Glycogen Phosphorylase in complex with glucosyl triazoleacetamide
关键词 keywordsGLYCOGENOLYSIS, INHIBITION, TYPE 2 DIABETES, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.07
零角强度 I(0) i0141064000.00
分子量 molecular_weight94540.0 kDa
排除体积 excluded_volume118560 ų
包络体积 envelope_volume136630 ų
水化壳体积 shell_volume40267 ų
包络直径 envelope_diameter96.7
壳层 Rg shell_rg36.06
包络 Rg envelope_rg27.41
形状 Rg shape_rg27.08
总 Rg total_rg27.89
总原子数 total_atoms6652
残基数 n_residues806
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.0
Rg (实空间) rg_real27.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real1.4110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal141100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8845
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.9
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.473
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha41720000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2pyia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamilyc.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family familyc.87.1.4 — Oligosaccharide phosphorylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2pyiA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id2pyiA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)