2uzq

Protein Phosphatase, New Crystal Form

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 144.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M-PHASE INDUCER PHOSPHATASE 2

HOMO SAPIENS

UniProt P30305

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 377–566 链 B; UniProt 377–566 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;PEG 8000, HEPES PH 7.0, GUANIDINIUM CHLORIDE 分辨率 2.38 Å R-free 0.249
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 377–566 链 D; UniProt 377–566 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;PEG 8000, HEPES PH 7.0, GUANIDINIUM CHLORIDE 分辨率 2.38 Å R-free 0.249
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 377–566 链 F; UniProt 377–566 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;PEG 8000, HEPES PH 7.0, GUANIDINIUM CHLORIDE 分辨率 2.38 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MPIP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–203; UniProt 377–566 作者链 B; PDB构建体 14–203; UniProt 377–566 作者链 C; PDB构建体 14–203; UniProt 377–566 作者链 D; PDB构建体 14–203; UniProt 377–566 作者链 E; PDB构建体 14–203; UniProt 377–566 作者链 F; PDB构建体 14–203; UniProt 377–566

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2uzq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2uzq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2uzq
沉积日期 deposition_date2007-05-01
结构标题 titleProtein Phosphatase, New Crystal Form
关键词 keywordsHYDROLASE, CELL DIVISION, PHOSPHORYLATION, DUAL SPECIFICITY, MITOSIS, CELL CYCLE, PHOSPHATASE, PROTEIN PHOSPHATASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.87
零角强度 I(0) i0212440000.00
分子量 molecular_weight120740.0 kDa
排除体积 excluded_volume151770 ų
包络体积 envelope_volume207940 ų
水化壳体积 shell_volume43796 ų
包络直径 envelope_diameter154.9
壳层 Rg shell_rg43.43
包络 Rg envelope_rg42.37
形状 Rg shape_rg42.86
总 Rg total_rg42.94
总原子数 total_atoms8502
残基数 n_residues1032
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.5
Rg (实空间) rg_real42.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.70
I(0) (实空间) i0_real2.1240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal212400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8484
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary54.7
偏度 Skewness skewness0.432
峰度 Kurtosis kurtosis-0.286
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11110000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.883; Smooth: 0.626

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd2uzqa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2uzqa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2uzqb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2uzqb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2uzqc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2uzqc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2uzqd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2uzqd3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2uzqe2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2uzqe3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2uzqf2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamilyc.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family familyc.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2uzqf3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2uzqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
结构域编号 domain_id2uzqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
结构域编号 domain_id2uzqC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
结构域编号 domain_id2uzqD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
结构域编号 domain_id2uzqE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain
结构域编号 domain_id2uzqF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodanese-like domain

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)