SAXSdb — 2veq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 48–608	片段：RESIDUES 48-608	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 CAC CACODYLATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE, 12% PEG 4000	分辨率 2.49 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VEQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QUQ Crystal Structure of the Essential Inner Kinetochore Protein Cep3p 提交 2007-08-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–608（562 aa）片段：residues 47-608	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM HEPES, 5% PEG 4000, 500 mM NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
6F07 CBF3 Core Complex 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–608（608 aa）链 B 1–608（608 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6FE8 Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex 提交 2017-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 47–608（562 aa）链 B 47–608（562 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6GSA Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 提交 2018-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：tetrameric	链 A 47–608（562 aa）链 B 47–608（562 aa）	突变：Truncation of the N-terminal domain, UNP residues 1-46 突变：Truncation of the N-terminal domain, UNP residues 1-46	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6GYP Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–608（608 aa）链 C 49–608（560 aa）	未记录	MET METHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 ARG ARGININE × 1 THR THREONINE × 2 GLN GLUTAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GYS Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–608（608 aa）链 C 1–608（608 aa）链 I 1–608（608 aa）链 J 1–608（608 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6GYU Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–608（608 aa）链 C 49–608（560 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7K79 CBF3 提交 2020-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–608（608 aa）链 O 1–608（608 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7K7G nucleosome and Gal4 complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 M 1–48（48 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 CE 1–608（608 aa）链 ce 1–608（608 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBF3B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–565； UniProt 48–608

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2veq
沉积日期 deposition_date	2007-10-26
结构标题 title	Insights into kinetochore-DNA interactions from the structure of Cep3p
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION FACTOR, CELL CYCLE, ZINC, CEP3P, NUCLEUS, CENTROMERE, DNA-BINDING, PHOSPHORYLATION, CHROMOSOMAL PROTEIN, KINETOCHORE, CBF3 COMPLEX, METAL-BINDING ;; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.58 Å
零角强度 I(0) i0	56553400.00
分子量 molecular_weight	61377.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77926 Å³
包络体积 envelope_volume	93521 Å³
水化壳体积 shell_volume	31163 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.35 Å
包络 Rg envelope_rg	24.99 Å
形状 Rg shape_rg	24.58 Å
总 Rg total_rg	25.46 Å
总原子数 total_atoms	4327
残基数 n_residues	520
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8778
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.270
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.836

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B
分子量 formula_weight	66378.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4405

GSHMLITASSSKEYLPDLLLFWQNYEYWITNIGLYKTKQRDLTRTPANLDTDTEECMFWMNYLQKDQSFQLMNFAMENLGALYFGSIGDISELYLRVEQYWDRRADKNHSVDGKYWDALIWSVFTMCIYYMPVEKLAEIFSVYPLHEYLGSNKRLNWEDGMQLVMCQNFARCSLFQLKQCDFMAHPDIRLVQAYLILATTTFPYDEPLLANSLLTQCIHTFKNFHVDDFRPLLNDDPVESIAKVTLGRIFYRLCGCDYLQSGPRKPIALHTEVSSLLQHAAYLQDLPNVDVYREENSTEVLYWKIISLDRDLDQYLNKSSKPPLKTLDAIRRELDIFQYKVDSLEEDFRSNNSRFQKFIALFQISTVSWKLFKMYLIYYDTADSLLKVIHYSKVIISLIVNNFHAKSEFFNRHPMVMQTITRVVSFISFYQIFVESAAVKQLLVDLTELTANLPTIFGSKLDKLVYLTERLSKLKLLWDKVQLLDSGDSFYHPVFKILQNDIKIIELKNDEMFSLIKGLGSLVPLNKLRQESLLEEEDENNTEPSDFRTIVEEFQSEYNISDILS

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.737 Å
晶胞边长 b length_b	83.737 Å
晶胞边长 c length_c	231.368 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	41.200 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/ve/2veq/2veq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ve/2veq/2veq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ve/2veq/2veq.dat

Insights into kinetochore-DNA interactions from the structure of Cep3p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CENTROMERE DNA-BINDING PROTEIN COMPLEX CBF3 SUBUNIT B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction