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2vpj

Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KELCH-LIKE PROTEIN 12

HOMO SAPIENS

UniProt Q53G59

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 268–567 片段：KELCH DOMAIN, RESIDUES 268-567 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 30% PEG4K 分辨率 1.85 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2VPJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 268–567（300 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6
分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 268–567（300 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6
分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 268–567（300 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6
分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 268–567（300 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6
分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6V7O Structural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate Specific Adapter Protein in a Cul3-Ring E3 Ligase Complex 提交 2019-12-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 268–567（300 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；Sodium cacodylate, Sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6V7O Structural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate Specific Adapter Protein in a Cul3-Ring E3 Ligase Complex 提交 2019-12-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 268–567（300 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；Sodium cacodylate, Sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 268–567（300 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 268–567（300 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 268–567（300 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 268–567（300 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8RBH Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PEF1 peptide 提交 2023-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 268–567（300 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl, and 30% PEG4K. (1:1)
分辨率 1.88 Å R-free 0.258
8RBH Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PEF1 peptide 提交 2023-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 268–567（300 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl, and 30% PEG4K. (1:1)
分辨率 1.88 Å R-free 0.258
9Y8J Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 1 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTS 2-(1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2-fluorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 2.70 Å R-free 0.329
9Y8K Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 7k 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTR 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.27 Å R-free 0.191
9Y8L Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8e 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTQ 2-(2-amino-5,6-dimethyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.27 Å R-free 0.193
9Y8M Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8i 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTE 2-(2-amino-5-fluoro-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.33 Å R-free 0.178
9Y8N Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8m 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTL 2-(4-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.31 Å R-free 0.204
9Y8O Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9c 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTM 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-[2,6-dichloro-4-(phenoxyacetyl)phenyl]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.29 Å R-free 0.177
9Y8Q Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9e 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTO 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,6-dichloro-4-{[(propan-2-yl)oxy]methyl}phenyl)acetamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.20 Å R-free 0.152
9Y8R Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9h 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTP 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-[2-chloro-4-(hydroxymethyl)-3-methylphenyl]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.33 Å R-free 0.173
9Y8S Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9k 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTN 4-[2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)acetamido]-N-benzyl-3-chloro-2-methylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.29 Å R-free 0.170
9Y8T Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 10b 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTJ 2-{2-amino-4-[(morpholin-4-yl)methyl]-1H-1,3-benzimidazol-1-yl}-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.208
9Y8U Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 10j 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTK 2-(4-{[(3S)-3-(4-cyanopiperidin-1-yl)pyrrolidin-1-yl]methyl}-2-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.01 Å R-free 0.141
9Y8V Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 10q 提交 2025-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–567（289 aa）
未记录 A1CTF 2-{4-[(1R,2S)-2-{[(3S)-3-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thiomorpholin-4-yl)pyrrolidin-1-yl]methyl}cyclopropyl]-2-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl}-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350
分辨率 1.27 Å R-free 0.199

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KLH12_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–301； UniProt 268–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vpj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vpj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vpj
沉积日期 deposition_date2008-02-29
结构标题 titleCrystal structure of the Kelch domain of human KLHL12
关键词 keywords;ADAPTOR PROTEIN, WNT SIGNALING PATHWAY, PROTEIN-BINDING, UBIQUITIN DEGRADATION, UBL CONJUGATION PATHWAY, CUL3, KELCH REPEAT, PHOSPHOPROTEIN, WNT SIGNALLING, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.45 Å
零角强度 I(0) i017723600.00
分子量 molecular_weight31204.0 kDa
排除体积 excluded_volume38621 ų
包络体积 envelope_volume42886 ų
水化壳体积 shell_volume19827 ų
包络直径 envelope_diameter55.7 Å
壳层 Rg shell_rg24.45 Å
包络 Rg envelope_rg17.65 Å
形状 Rg shape_rg17.46 Å
总 Rg total_rg18.34 Å
总原子数 total_atoms2192
残基数 n_residues289
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.0 Å
Rg (实空间) rg_real18.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17720000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.3 Å
偏度 Skewness skewness0.016
峰度 Kurtosis kurtosis-0.527
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5801000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2vpja_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.68.11 — Kelch motif
家族 Family familyb.68.11.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2vpjA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Kelch-type beta propeller
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)