SAXSdb — 2vvu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FA10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 235–475 作者链 L； PDB构建体 1–55； UniProt 126–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vvu
沉积日期 deposition_date	2008-06-11
结构标题 title	Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor
关键词 keywords	;HYDROLASE, CATION, PLASMA, CALCIUM, ZYMOGEN, PROTEASE, INHIBITOR, POLYMORPHISM, GLYCOPROTEIN, GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID, BLOOD CLOTTING, COAGULATION FACTOR, HYDROXYLATION, SERINE PROTEASE, EGF-LIKE DOMAIN, CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES ;; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vvu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vvu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vvu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.68 Å
Rg（电子密度）	18.52 Å
总 Rg	19.55 Å
原子数	2267
残基数	287
排除体积	40091 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vvu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vvu__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vvu__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	27173.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.6
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2459

IVGGQECKDGECPWQALLINEENEGFCGGTILSEFYILTAAHCLYQAKRFKVRVGDRNTEQEEGGEAVHEVEVVIKHNRFTKETYDFDIAVLRLKTPITFRMNVAPACLPERDWAESTLMTQKTGIVSGFGRTHEKGEQSTRLKMLEVPYVDRNSCKLSSSFIITQNMFCAGYDTKQEDACQGDSGGPHVTRFKDTYFVTGIVSWGEGCARKGKYGIYTKVTAFLKWIDRSMKTRGLPKAK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FACTOR X LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	6060.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

RKLCSLDNGDCDQFCHEEQNSVVCSCARGYTLADNGKACIPTGPYPCGKQTLERR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide
分子量 formula_weight	474.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vvua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d2vvul_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2vvuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2vvuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2vvuL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

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晶胞边长 a length_a	48.890 Å
晶胞边长 b length_b	74.670 Å
晶胞边长 c length_c	76.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.890 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.3090

Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vvu__assembly_1__model_1

2vvu__assembly_1__model_1 | I(q)

2vvu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACTIVATED FACTOR XA HEAVY CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vvu__assembly_1__model_1

2vvu__assembly_1__model_1 | I(q)

2vvu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)