2w6g

Low resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 3.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–553 链 B; UniProt 1–553 链 C; UniProt 1–553 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00829) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P05631) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 6.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPA1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–553; UniProt 1–553 作者链 B; PDB构建体 1–553; UniProt 1–553 作者链 C; PDB构建体 1–553; UniProt 1–553

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–528 链 E; UniProt 1–528 链 F; UniProt 1–528 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 (P19483) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P05631) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 6.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPB_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–528; UniProt 1–528 作者链 E; PDB构建体 1–528; UniProt 1–528 作者链 F; PDB构建体 1–528; UniProt 1–528

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–298 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM, MITOCHONDRIAL × 3 (P19483) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00829) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;50 MM TRIS-HCL PH 8.2, 200 MM NACL, 20 MM MGSO4, 1 MM ADP, 1 MM ALCL3, 6 MM NAF 0.004% (W/V)PHENYLMETHYLSULFONYL FLUORIDE AND 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 分辨率 6.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPG_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2w6g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2w6g
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2w6g
沉积日期 deposition_date2008-12-18
结构标题 titleLow resolution structures of bovine mitochondrial F1-ATPase during controlled dehydration: Hydration State 3.
关键词 keywords;ATP PHOSPHORYLASE (H+ TRANSPORTING), TRANSIT PEPTIDE, F1FO ATP PHOSPHORYLASE, ION TRANSPORT, MITOCHONDRION, ATP SYNTHESIS, CF(1), P-LOOP, HYDROLASE, NUCLEOTIDE-BINDING, HYDROGEN ION TRANSPORT, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID, ATP-BINDING ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.42
零角强度 I(0) i01487620000.00
分子量 molecular_weight324140.0 kDa
排除体积 excluded_volume408390 ų
包络体积 envelope_volume523800 ų
水化壳体积 shell_volume97515 ų
包络直径 envelope_diameter142.5
壳层 Rg shell_rg52.18
包络 Rg envelope_rg40.96
形状 Rg shape_rg41.42
总 Rg total_rg41.85
总原子数 total_atoms22795
残基数 n_residues2997
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.0
Rg (实空间) rg_real42.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real1.4880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1488000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8950
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary54.9
偏度 Skewness skewness0.023
峰度 Kurtosis kurtosis-0.544
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha314400000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.932

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)