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2w70

Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the amino-thiazole-pyrimidine fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIOTIN CARBOXYLASE

ESCHERICHIA COLI

UniProt P24182

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–449 未记录 L22 4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.77 Å R-free 0.202
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–449 未记录 L22 4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.77 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2W70 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BNC THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE BIOTIN CARBOXYLASE SUBUNIT OF ACETYL-COA CARBOXYLASE 提交 1994-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1DV1 STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE (APO) 提交 2000-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7；298 K；10mM potassium phosphate 1mM EDTA 2mM DTT, pH 7.0, MICRODIALYSIS, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
1DV2 The structure of biotin carboxylase, mutant E288K, complexed with ATP 提交 2000-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE
突变：E288K ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG-8000 ATP magnesium chloride HEPPS potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.203
1DV2 The structure of biotin carboxylase, mutant E288K, complexed with ATP 提交 2000-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE
突变：E288K ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG-8000 ATP magnesium chloride HEPPS potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.203
2GPS Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, E23R mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
突变：E23R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；0.1 M magnesium formate, 14% (w/v) PEG3350, 8% (v/v) glycerol, and 20 mM calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.80 Å R-free 0.260
2GPS Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, E23R mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
突变：E23R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；0.1 M magnesium formate, 14% (w/v) PEG3350, 8% (v/v) glycerol, and 20 mM calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.80 Å R-free 0.260
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2J9G Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with AMPPNP and ADP 提交 2008-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M CACL2, 45% MPD
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
2J9G Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with AMPPNP and ADP 提交 2008-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M CACL2, 45% MPD
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
2V58 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 1 提交 2008-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 LZJ 6-(2,6-dibromophenyl)pyrido[2,3-d]pyrimidine-2,7-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN: 12 MG/ML, (250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2) WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE AND 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.219
2V58 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 1 提交 2008-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 LZJ 6-(2,6-dibromophenyl)pyrido[2,3-d]pyrimidine-2,7-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN: 12 MG/ML, (250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2) WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE AND 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.219
2V59 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 2 提交 2008-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 LZK 6-(2,6-DIMETHOXYPHENYL)PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-2,7-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000 PROTEIN: 12 MG/ML, 250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
2V59 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 2 提交 2008-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 LZK 6-(2,6-DIMETHOXYPHENYL)PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-2,7-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000 PROTEIN: 12 MG/ML, 250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
2V5A CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 3 提交 2008-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 LZL 7-(2,5-dihydropyrrol-1-yl)-6-phenyl-pyrido[6,5-d]pyrimidin-2-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.31 Å R-free 0.237
2V5A CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 3 提交 2008-10-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.31 Å R-free 0.237
2VR1 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with ATP analog, ADPCF2P. 提交 2008-03-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ATF PHOSPHODIFLUOROMETHYLPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL, 3-8% PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
2VR1 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with ATP analog, ADPCF2P. 提交 2008-03-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL, 3-8% PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
2W6M Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA1 (2-AMINO-1,3-OXAZOL-5-YL)-(3-BROMOPHENYL)METHANONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.208
2W6M Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 OA1 (2-AMINO-1,3-OXAZOL-5-YL)-(3-BROMOPHENYL)METHANONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.208
2W6N Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA2 2-AMINO-N,N-BIS(PHENYLMETHYL)-1,3-OXAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.87 Å R-free 0.217
2W6N Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 OA2 2-AMINO-N,N-BIS(PHENYLMETHYL)-1,3-OXAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.87 Å R-free 0.217
2W6O Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 4-Amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydro-quinazolinone fragment 提交 2008-12-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA3 4-amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydroquinazolin-5(6H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.308
2W6O Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 4-Amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydro-quinazolinone fragment 提交 2008-12-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 OA3 4-amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydroquinazolin-5(6H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.308
2W6P Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 5-Methyl-6-phenyl-quinazoline-2,4-diamine 提交 2008-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA4 5-methyl-6-phenylquinazoline-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.85 Å R-free 0.216
2W6P Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 5-Methyl-6-phenyl-quinazoline-2,4-diamine 提交 2008-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.85 Å R-free 0.216
2W6Q Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the triazine-2,4-diamine fragment 提交 2008-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA5 6-(2-phenoxyethoxy)-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 2.05 Å R-free 0.224
2W6Q Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the triazine-2,4-diamine fragment 提交 2008-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 OA5 6-(2-phenoxyethoxy)-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 2.05 Å R-free 0.224
2W6Z Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the 3-(3-Methyl-but-2-enyl)-3H-purin-6-ylamine fragment 提交 2008-12-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 L21 3-(3-methylbut-2-en-1-yl)-3H-purin-6-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG 800
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
2W6Z Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the 3-(3-Methyl-but-2-enyl)-3H-purin-6-ylamine fragment 提交 2008-12-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG 800
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
2W71 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the imidazole-pyrimidine inhibitor 提交 2008-12-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 L23 4-[1-(2,6-dichlorobenzyl)-2-methyl-1H-imidazol-4-yl]pyrimidin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.229
2W71 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the imidazole-pyrimidine inhibitor 提交 2008-12-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 L23 4-[1-(2,6-dichlorobenzyl)-2-methyl-1H-imidazol-4-yl]pyrimidin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.229
3G8C Crystal Structure of Biotin Carboxylase in Complex with Biotin, Bicarbonate, ADP and Mg Ion 提交 2009-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–444（444 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTN BIOTIN × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3G8C Crystal Structure of Biotin Carboxylase in Complex with Biotin, Bicarbonate, ADP and Mg Ion 提交 2009-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–444（444 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTN BIOTIN × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3G8D Crystal structure of the biotin carboxylase subunit, E296A mutant, of acetyl-COA carboxylase from Escherichia coli 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–444（444 aa）
突变：E296A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3G8D Crystal structure of the biotin carboxylase subunit, E296A mutant, of acetyl-COA carboxylase from Escherichia coli 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–444（444 aa）
突变：E296A SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3JZF Crystal structure of biotin carboxylase from E. Coli in complex with benzimidazoles series 提交 2009-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CO3 CARBONATE ION × 1 JZK 2-[(2-chlorobenzyl)amino]-1-(cyclohexylmethyl)-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；Co-crystallzation. 8-10% PEG 6000, Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.13 Å R-free 0.236
3JZI Crystal structure of biotin carboxylase from E. Coli in complex with benzimidazole series 提交 2009-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 JZL 7-amino-2-[(2-chlorobenzyl)amino]-1-{[(1S,2S)-2-hydroxycycloheptyl]methyl}-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；Co-crystallization. 8-10% PEG6000, 100mM Tris-HCl., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.31 Å R-free 0.223
3RUP Crystal structure of E.coli biotin carboxylase in complex with two ADP and two Ca ions 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；PEG3350, CaCl2, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.99 Å R-free 0.227
3RV3 Crystal structure of E.coli biotin carboxylase in complex with two ADP and one Mg ion 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；295 K；Bis-Tris, PEG3350, NH4Cl, n-octyl-beta-D-glucose, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.91 Å R-free 0.263
3RV4 Crystal structure of E.coli biotin carboxylase R16E mutant in complex with Mg-ADP and bicarbonate 提交 2011-05-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
突变：R16E ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BCT BICARBONATE ION × 2 CS CESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 MOH METHANOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；PEG3350, CsCl, methanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.98 Å R-free 0.219
4HR7 Crystal Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein-Biotin Carboxylase Complex from E.coli 提交 2012-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–449（449 aa）
链 C 1–449（449 aa）
链 E 1–449（449 aa）
链 F 1–449（449 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K
分辨率 2.50 Å R-free 0.229
8UXZ E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked local reconstruction, 3.20 Angstrom 提交 2023-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–446（446 aa）
链 G 1–446（446 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ACO ACETYL COENZYME *A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8UZ2 E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstruction, 3.18 Angstrom 提交 2023-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–446（446 aa）
链 G 1–446（446 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ACO ACETYL COENZYME *A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9E4N E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical tube, 4.04 Angstrom 提交 2024-10-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 152 PDB 声明：152-meric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 38 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 38 MG MAGNESIUM ION × 38 ZN ZINC ION × 38 ACO ACETYL COENZYME *A × 38 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.04 Å
9E4O E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked tube, 3.98 Angstrom 提交 2024-10-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 160 PDB 声明：160-meric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 40 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 40 MG MAGNESIUM ION × 40 ZN ZINC ION × 40 ACO ACETYL COENZYME *A × 40 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.98 Å

共 29 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACCC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–449； UniProt 1–449 作者链 B； PDB构建体 1–449； UniProt 1–449

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2w70

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2w70
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2w70
沉积日期 deposition_date2008-12-19
结构标题 titleCrystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the amino-thiazole-pyrimidine fragment
关键词 keywordsLIGASE, ATP-BINDING, FATTY ACID BIOSYNTHESIS, NUCLEOTIDE-BINDING, LIPID SYNTHESIS, ATP-GRASP DOMAIN, FRAGMENT SCREENING; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.57 Å
零角强度 I(0) i0155854000.00
分子量 molecular_weight98290.0 kDa
排除体积 excluded_volume122750 ų
包络体积 envelope_volume147850 ų
水化壳体积 shell_volume40722 ų
包络直径 envelope_diameter122.9 Å
壳层 Rg shell_rg37.12 Å
包络 Rg envelope_rg30.88 Å
形状 Rg shape_rg30.54 Å
总 Rg total_rg31.19 Å
总原子数 total_atoms6894
残基数 n_residues892
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.8 Å
Rg (实空间) rg_real31.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal155800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8041
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1 Å
偏度 Skewness skewness0.568
峰度 Kurtosis kurtosis0.085
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50960000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.565; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.796; Smooth: 0.959
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2w70a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.1 — BC N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2w70a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.2 — BC ATP-binding domain-like
结构域编号 domain_idd2w70a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.1 — BC C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2w70b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.1 — BC N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2w70b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.2 — BC ATP-binding domain-like
结构域编号 domain_idd2w70b3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.1 — BC C-terminal domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2w70A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2w70A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2w70A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2w70B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2w70B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2w70B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)