9e4o

E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked tube, 3.98 Angstrom

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 143.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e4o
沉积日期 deposition_date	2024-10-25
结构标题 title	E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked tube, 3.98 Angstrom
关键词 keywords	complex, enzyme, biosynthesis of fatty acids, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.87 Å
零角强度 I(0) i0	242555000.00
分子量 molecular_weight	125290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156480 Å³
包络体积 envelope_volume	212360 Å³
水化壳体积 shell_volume	45044 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.87 Å
包络 Rg envelope_rg	40.86 Å
形状 Rg shape_rg	40.93 Å
总 Rg total_rg	40.85 Å
总原子数 total_atoms	8765
残基数 n_residues	1126
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.2 Å
Rg (实空间) rg_real	40.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	242500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.549
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.585; Smooth: 0.653

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
分子量 formula_weight	34956.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.3.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8765

NFLDFEQPIAELEAKIDSLTAVSRQDEKLDINIDEEVHRLREKSVELTRKIFADLGAWQIAQLARHPQRPYTLDYVRLAFDEFDELAGDRAYADDKAIVGGIARLDGRPVMIIGHQKGRETKEKIRRNFGMPAPEGYRKALRLMQMAERFKMPIITFIDTPGAYPGVGAEERGQSEAIARNLREMSRLGVPVVCTVIGEGGSGGALAIGVGDKVNMLQYSTYSVISPEGCASILWKSADKAPLAAEAMGIIAPRLKELKLIDSIIPEPLGGAHRNPEAMAASLKAQLLADLADLDVLSTEDLKNRRYQRLMSYGYA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
分子量 formula_weight	8370.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHIVRSPMVGTFYRTPSPDAKAFIEVGQKVNVGDTLCIVEAMKMMNQIEADKSGTVKAILVESGQPVEFDEPLVVIE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Biotin carboxylase
分子量 formula_weight	49386.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.4.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLDKIVIANRGEIALRILRACKELGIKTVAVHSSADRDLKHVLLADETVCIGPAPSVKSYLNIPAIISAAEITGAVAIHPGYGFLSENANFAEQVERSGFIFIGPKAETIRLMGDKVSAIAAMKKAGVPCVPGSDGPLGDDMDKNRAIAKRIGYPVIIKASGGGGGRGMRVVRGDAELAQSISMTRAEAKAAFSNDMVYMEKYLENPRHVEIQVLADGQGNAIYLAERDCSMQRRHQKVVEEAPAPGITPELRRYIGERCAKACVDIGYRGAGTFEFLFENGEFYFIEMNTRIQVEHPVTEMITGVDLIKEQLRIAAGQPLSIKQEEVHVRGHAVECRINAEDPNTFLPSPGKITRFHAPGGFGVRWESHIYAGYTVPPYYDSMIGKLICYGENRDVAIARMKNALQELIIDGIKTNVDLQIRIMNDENFQHGGTNIHYLEKKLGLQEK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
分子量 formula_weight	31234.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.3.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SWIERIKSNITPTRKASIPEGVWTKCDSCGQVLYRAELERNLEVCPKCDHHMRMTARNRLHSLLDEGSLVELGSELEPKDVLKFRDSKKYKDRLASAQKETGEKDALVVMKGTLYGMPVVAAAFEFAFMGGSMGSVVGARFVRAVEQALEDNCPLICFSASGGARMQEALMSLMQMAKTSAALAKMQERGLPYISVLTDPTMGGVSASFAMLGDLNIAEPKALIGFAGPRVIEQTVREKLPPGFQRSEFLIEKGAIDMIVRRPEMRLKLASILAKLMNLPAPNP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	BIOTIN
分子量 formula_weight	244.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	697396

fit	/app/data/saxs_computation/e4/9e4o/9e4o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e4/9e4o/9e4o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e4/9e4o/9e4o.dat

E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked tube, 3.98 Angstrom

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)