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3jzf

Crystal structure of biotin carboxylase from E. Coli in complex with benzimidazoles series

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Biotin carboxylase

Escherichia coli

UniProt P24182

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–449 链 B； UniProt 1–449 未记录 CO3 CARBONATE ION × 1 JZK 2-[(2-chlorobenzyl)amino]-1-(cyclohexylmethyl)-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；Co-crystallzation. 8-10% PEG 6000, Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 2.13 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 3JZF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BNC THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE BIOTIN CARBOXYLASE SUBUNIT OF ACETYL-COA CARBOXYLASE 提交 1994-07-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1DV1 STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE (APO) 提交 2000-01-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7；298 K；10mM potassium phosphate 1mM EDTA 2mM DTT, pH 7.0, MICRODIALYSIS, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
1DV2 The structure of biotin carboxylase, mutant E288K, complexed with ATP 提交 2000-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE
突变：E288K ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG-8000 ATP magnesium chloride HEPPS potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.203
1DV2 The structure of biotin carboxylase, mutant E288K, complexed with ATP 提交 2000-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE
突变：E288K ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG-8000 ATP magnesium chloride HEPPS potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.203
2GPS Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, E23R mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
突变：E23R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；0.1 M magnesium formate, 14% (w/v) PEG3350, 8% (v/v) glycerol, and 20 mM calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.80 Å R-free 0.260
2GPS Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, E23R mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
突变：E23R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；0.1 M magnesium formate, 14% (w/v) PEG3350, 8% (v/v) glycerol, and 20 mM calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.80 Å R-free 0.260
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2GPW Crystal Structure of the Biotin Carboxylase Subunit, F363A Mutant, of Acetyl-CoA Carboxylase from Escherichia coli. 提交 2006-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–449（449 aa）
突变：F363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 8% (v/v) PEG2000 MME, 4% (v/v) glycerol, 5 mM magnesium chloride, and 2.5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2J9G Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with AMPPNP and ADP 提交 2008-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M CACL2, 45% MPD
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
2J9G Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with AMPPNP and ADP 提交 2008-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M CACL2, 45% MPD
分辨率 2.05 Å R-free 0.236
2V58 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 1 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 LZJ 6-(2,6-dibromophenyl)pyrido[2,3-d]pyrimidine-2,7-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN: 12 MG/ML, (250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2) WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE AND 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.219
2V58 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 1 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 LZJ 6-(2,6-dibromophenyl)pyrido[2,3-d]pyrimidine-2,7-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PROTEIN: 12 MG/ML, (250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2) WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE AND 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.219
2V59 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 2 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 LZK 6-(2,6-DIMETHOXYPHENYL)PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-2,7-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000 PROTEIN: 12 MG/ML, 250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
2V59 CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 2 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 LZK 6-(2,6-DIMETHOXYPHENYL)PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-2,7-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 WELL: 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000 PROTEIN: 12 MG/ML, 250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10 MM HEPES, PH 7.2
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
2V5A CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 3 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 LZL 7-(2,5-dihydropyrrol-1-yl)-6-phenyl-pyrido[6,5-d]pyrimidin-2-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.31 Å R-free 0.237
2V5A CRYSTAL STRUCTURE OF BIOTIN CARBOXYLASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH POTENT INHIBITOR 3 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE, 4% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.31 Å R-free 0.237
2VR1 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with ATP analog, ADPCF2P. 提交 2008-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ATF PHOSPHODIFLUOROMETHYLPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL, 3-8% PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
2VR1 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with ATP analog, ADPCF2P. 提交 2008-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL, 3-8% PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
2W6M Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA1 (2-AMINO-1,3-OXAZOL-5-YL)-(3-BROMOPHENYL)METHANONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.208
2W6M Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 OA1 (2-AMINO-1,3-OXAZOL-5-YL)-(3-BROMOPHENYL)METHANONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.208
2W6N Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA2 2-AMINO-N,N-BIS(PHENYLMETHYL)-1,3-OXAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.87 Å R-free 0.217
2W6N Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with amino-oxazole fragment series 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 OA2 2-AMINO-N,N-BIS(PHENYLMETHYL)-1,3-OXAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.87 Å R-free 0.217
2W6O Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 4-Amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydro-quinazolinone fragment 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA3 4-amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydroquinazolin-5(6H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.308
2W6O Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 4-Amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydro-quinazolinone fragment 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 OA3 4-amino-7,7-dimethyl-7,8-dihydroquinazolin-5(6H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.308
2W6P Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 5-Methyl-6-phenyl-quinazoline-2,4-diamine 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA4 5-methyl-6-phenylquinazoline-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.85 Å R-free 0.216
2W6P Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with 5-Methyl-6-phenyl-quinazoline-2,4-diamine 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 1.85 Å R-free 0.216
2W6Q Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the triazine-2,4-diamine fragment 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 OA5 6-(2-phenoxyethoxy)-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 2.05 Å R-free 0.224
2W6Q Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the triazine-2,4-diamine fragment 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 OA5 6-(2-phenoxyethoxy)-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG-800
分辨率 2.05 Å R-free 0.224
2W6Z Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the 3-(3-Methyl-but-2-enyl)-3H-purin-6-ylamine fragment 提交 2008-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 L21 3-(3-methylbut-2-en-1-yl)-3H-purin-6-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG 800
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
2W6Z Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the 3-(3-Methyl-but-2-enyl)-3H-purin-6-ylamine fragment 提交 2008-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M KCL AND 2-8% PEG 800
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
2W70 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the amino-thiazole-pyrimidine fragment 提交 2008-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 L22 4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.77 Å R-free 0.202
2W70 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the amino-thiazole-pyrimidine fragment 提交 2008-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–449（449 aa）
未记录 L22 4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.77 Å R-free 0.202
2W71 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the imidazole-pyrimidine inhibitor 提交 2008-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 L23 4-[1-(2,6-dichlorobenzyl)-2-methyl-1H-imidazol-4-yl]pyrimidin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.229
2W71 Crystal structure of Biotin carboxylase from E. coli in complex with the imidazole-pyrimidine inhibitor 提交 2008-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 L23 4-[1-(2,6-dichlorobenzyl)-2-methyl-1H-imidazol-4-yl]pyrimidin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.229
3G8C Crystal Structure of Biotin Carboxylase in Complex with Biotin, Bicarbonate, ADP and Mg Ion 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–444（444 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTN BIOTIN × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3G8C Crystal Structure of Biotin Carboxylase in Complex with Biotin, Bicarbonate, ADP and Mg Ion 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–444（444 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTN BIOTIN × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3G8D Crystal structure of the biotin carboxylase subunit, E296A mutant, of acetyl-COA carboxylase from Escherichia coli 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–444（444 aa）
突变：E296A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3G8D Crystal structure of the biotin carboxylase subunit, E296A mutant, of acetyl-COA carboxylase from Escherichia coli 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–444（444 aa）
突变：E296A SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；23% PEG3350, 0.12M Li2SO4, 3.9% SORBITOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3JZI Crystal structure of biotin carboxylase from E. Coli in complex with benzimidazole series 提交 2009-09-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 JZL 7-amino-2-[(2-chlorobenzyl)amino]-1-{[(1S,2S)-2-hydroxycycloheptyl]methyl}-1H-benzimidazole-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；Co-crystallization. 8-10% PEG6000, 100mM Tris-HCl., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.31 Å R-free 0.223
3RUP Crystal structure of E.coli biotin carboxylase in complex with two ADP and two Ca ions 提交 2011-05-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；PEG3350, CaCl2, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.99 Å R-free 0.227
3RV3 Crystal structure of E.coli biotin carboxylase in complex with two ADP and one Mg ion 提交 2011-05-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
链 B 1–449（449 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；295 K；Bis-Tris, PEG3350, NH4Cl, n-octyl-beta-D-glucose, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.91 Å R-free 0.263
3RV4 Crystal structure of E.coli biotin carboxylase R16E mutant in complex with Mg-ADP and bicarbonate 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–449（449 aa）
突变：R16E ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BCT BICARBONATE ION × 2 CS CESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 MOH METHANOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；PEG3350, CsCl, methanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.98 Å R-free 0.219
4HR7 Crystal Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein-Biotin Carboxylase Complex from E.coli 提交 2012-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–449（449 aa）
链 C 1–449（449 aa）
链 E 1–449（449 aa）
链 F 1–449（449 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K
分辨率 2.50 Å R-free 0.229
8UXZ E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked local reconstruction, 3.20 Angstrom 提交 2023-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–446（446 aa）
链 G 1–446（446 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ACO ACETYL COENZYME *A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8UZ2 E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical local reconstruction, 3.18 Angstrom 提交 2023-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–446（446 aa）
链 G 1–446（446 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ACO ACETYL COENZYME *A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9E4N E. coli acetyl-CoA carboxylase, narrow helical tube, 4.04 Angstrom 提交 2024-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 152 PDB 声明：152-meric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 38 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 38 MG MAGNESIUM ION × 38 ZN ZINC ION × 38 ACO ACETYL COENZYME *A × 38 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.04 Å
9E4O E. coli acetyl-CoA carboxylase, wide stacked tube, 3.98 Angstrom 提交 2024-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 160 PDB 声明：160-meric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 40 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 40 MG MAGNESIUM ION × 40 ZN ZINC ION × 40 ACO ACETYL COENZYME *A × 40 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；2.5 mg/ml ACC complex in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM bicarbonate, 7.5 mM ATP, 20 mM MgCl2 and 1 mM acetyl-CoA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.98 Å

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACCC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 22–470； UniProt 1–449 作者链 B； PDB构建体 22–470； UniProt 1–449

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jzf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jzf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jzf
沉积日期 deposition_date2009-09-23
结构标题 titleCrystal structure of biotin carboxylase from E. Coli in complex with benzimidazoles series
关键词 keywords;Biotin carboxylase, AccC, Acetyl coenzyme-A carboxylase, ACCase, ATP-binding, Biotin, Fatty acid biosynthesis, Ligase, Lipid synthesis, Nucleotide-binding ;; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.64 Å
零角强度 I(0) i0133019000.00
分子量 molecular_weight91110.0 kDa
排除体积 excluded_volume114010 ų
包络体积 envelope_volume135730 ų
水化壳体积 shell_volume39107 ų
包络直径 envelope_diameter104.4 Å
壳层 Rg shell_rg36.24 Å
包络 Rg envelope_rg28.90 Å
形状 Rg shape_rg28.63 Å
总 Rg total_rg29.35 Å
总原子数 total_atoms6399
残基数 n_residues827
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.9 Å
Rg (实空间) rg_real29.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8723
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.8 Å
偏度 Skewness skewness0.423
峰度 Kurtosis kurtosis-0.182
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha59650000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.961
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3jzfa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.1 — BC N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3jzfa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.1 — BC C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3jzfb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.1 — BC N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3jzfb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.2 — BC ATP-binding domain-like
结构域编号 domain_idd3jzfb3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.1 — BC C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3jzfb4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3jzfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id3jzfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id3jzfB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id3jzfB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id3jzfB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)