2wev

Truncation and Optimisation of Peptide Inhibitors of CDK2, Cyclin A Through Structure Guided Design

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2

HOMO SAPIENS

UniProt P24941

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–298 未记录 CYCLIN-A2 × 1 (P20248) ARG-ARG-B3L-MEA × 1 CK7 [4-(2-AMINO-4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-PYRIMIDIN-2-YL]-(3-NITRO-PHENYL)-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.8;PEG3350 30% V/V, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.8 分辨率 2.30 Å R-free 0.243
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–298 未记录 CYCLIN-A2 × 1 (P20248) ARG-ARG-B3L-MEA × 1 CK7 [4-(2-AMINO-4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-PYRIMIDIN-2-YL]-(3-NITRO-PHENYL)-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.8;PEG3350 30% V/V, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.8 分辨率 2.30 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 518 个其他 PDB 条目、663 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298 作者链 C; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298

CYCLIN-A2

HOMO SAPIENS

UniProt P20248

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 173–432 片段:RESIDUES 173-432 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) ARG-ARG-B3L-MEA × 1 CK7 [4-(2-AMINO-4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-PYRIMIDIN-2-YL]-(3-NITRO-PHENYL)-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.8;PEG3350 30% V/V, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.8 分辨率 2.30 Å R-free 0.243
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 173–432 片段:RESIDUES 173-432 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) ARG-ARG-B3L-MEA × 1 CK7 [4-(2-AMINO-4-METHYL-THIAZOL-5-YL)-PYRIMIDIN-2-YL]-(3-NITRO-PHENYL)-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.8;PEG3350 30% V/V, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.8 分辨率 2.30 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、211 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCNA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–260; UniProt 173–432 作者链 D; PDB构建体 1–260; UniProt 173–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wev

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wev
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wev
沉积日期 deposition_date2009-04-01
结构标题 titleTruncation and Optimisation of Peptide Inhibitors of CDK2, Cyclin A Through Structure Guided Design
关键词 keywords;CDK2, KINASE, CYCLIN, ACTIVE, NUCLEUS, MITOSIS, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, CYTOPLASM, INHIBITION, CELL CYCLE, ATP-BINDING, CELL DIVISION, PHOSPHOPROTEIN, NUCLEOTIDE-BINDING, TRANSFERASE, POLYMORPHISM, BETA-PEPTIDE, CYCLIN GROOVE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.33
零角强度 I(0) i0226960000.00
分子量 molecular_weight128430.0 kDa
排除体积 excluded_volume163660 ų
包络体积 envelope_volume203390 ų
水化壳体积 shell_volume48497 ų
包络直径 envelope_diameter121.0
壳层 Rg shell_rg41.85
包络 Rg envelope_rg33.98
形状 Rg shape_rg34.36
总 Rg total_rg34.77
总原子数 total_atoms9063
残基数 n_residues1113
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.9
Rg (实空间) rg_real35.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92
I(0) (实空间) i0_real2.2700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal227000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8861
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.4
偏度 Skewness skewness0.263
峰度 Kurtosis kurtosis-0.351
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha108600000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.881

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2weva_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd2wevb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd2wevb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd2wevc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd2wevd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd2wevd2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2wevA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wevA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wevB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2wevB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2wevC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wevC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wevD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2wevD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)