SAXSdb — 2x0x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA × 6 （P69924） SULFATE ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA × 6 （P69924） SULFATE ION × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIR1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761 作者链 B； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761 作者链 C； PDB构建体 1–761； UniProt 1–761

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt P69924

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA × 6 （P00452） SULFATE ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA × 6 （P00452） SULFATE ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIR2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–20； UniProt 357–376 作者链 E； PDB构建体 1–20； UniProt 357–376 作者链 F； PDB构建体 1–20； UniProt 357–376 作者链 P； PDB构建体 1–20； UniProt 357–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2x0x
沉积日期 deposition_date	2009-12-18
结构标题 title	Ribonucleotide reductase R1 subunit of E. coli to 2.3 A resolution
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, NUCLEOTIDE-BINDING, ALTERNATIVE INITIATION, DNA REPLICATION, ALLOSTERIC ENZYME; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2x0x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2x0x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2x0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.04 Å
Rg（电子密度）	52.38 Å
总 Rg	52.50 Å
原子数	35628
残基数	4464
排除体积	632740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2x0x__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2x0x__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2x0x__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
分子量 formula_weight	85877.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18869

MNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDWAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGCESGACKI

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	2271.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,P

YLVGQIDSEVDTDDLSNFQL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1028

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2x0xA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2x0xB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2x0xC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	223.877 Å
晶胞边长 b length_b	223.877 Å
晶胞边长 c length_c	336.467 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	169.031 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2241

Ribonucleotide reductase R1 subunit of E. coli to 2.3 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x0x__assembly_1__model_1

2x0x__assembly_1__model_1 | I(q)

2x0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

Ribonucleotide reductase R1 subunit of E. coli to 2.3 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x0x__assembly_1__model_1

2x0x__assembly_1__model_1 | I(q)

2x0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)