8vhp

Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to CDP and two molecules of ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 207.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vhp
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to CDP and two molecules of ATP
关键词 keywords	Ribonucleotide reductase, allosteric regulation, nucleotide binding, subunit interaction, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	71.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	71.86 Å
零角强度 I(0) i0	6814040000.00
分子量 molecular_weight	680310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	842780 Å³
包络体积 envelope_volume	1243900 Å³
水化壳体积 shell_volume	144930 Å³
包络直径 envelope_diameter	228.9 Å
壳层 Rg shell_rg	71.87 Å
包络 Rg envelope_rg	69.04 Å
形状 Rg shape_rg	71.88 Å
总 Rg total_rg	71.81 Å
总原子数 total_atoms	47729
残基数 n_residues	5853
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	207.8 Å
Rg (实空间) rg_real	71.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4830e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6801000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6137
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	75.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0818
最高正则化参数 α highest_alpha	183800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.991; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.008

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	87682.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
突变 mutation	W28A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	48995

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSMNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDAAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGCESGACK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 5 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	403.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1222

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	288.719 Å
晶胞边长 b length_b	316.613 Å
晶胞边长 c length_c	158.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.608 Å
最低分辨率 resolution_low	49.736 Å
R 因子 r_factor	0.1891
R_work r_work	0.1889
R_free r_free	0.2095

fit	/app/data/saxs_computation/vh/8vhp/8vhp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vh/8vhp/8vhp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vh/8vhp/8vhp.dat