SAXSdb — 8vhp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 12 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 4 CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 12 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 4 CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 8 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 4 CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 8 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 4 CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIR1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 B； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 C； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 D； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 E； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 F； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 G； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760 作者链 H； PDB构建体 20–779； UniProt 1–760

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vhp
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to CDP and two molecules of ATP
关键词 keywords	Ribonucleotide reductase, allosteric regulation, nucleotide binding, subunit interaction, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8vhp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8vhp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8vhp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.92 Å
Rg（电子密度）	37.33 Å
总 Rg	37.67 Å
原子数	11946
残基数	1464
排除体积	210860 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8vhp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8vhp__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8vhp__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8vhp__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	87682.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
突变 mutation	W28A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	48995

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSMNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDAAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGCESGACK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	403.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1222

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晶胞边长 a length_a	288.719 Å
晶胞边长 b length_b	316.613 Å
晶胞边长 c length_c	158.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.608 Å
最低分辨率 resolution_low	49.736 Å
R 因子 r_factor	0.1891
R_work r_work	0.1889
R_free r_free	0.2095

Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to CDP and two molecules of ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8vhp__assembly_1__model_1

8vhp__assembly_1__model_1 | I(q)

8vhp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to CDP and two molecules of ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8vhp__assembly_1__model_1

8vhp__assembly_1__model_1 | I(q)

8vhp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)