SAXSdb — 2xa7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU, × 1 （P84092） TGN38 CARGO PEPTIDE × 1 AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA × 1 （P62743） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU, × 1 （P84092） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA × 1 （P62743） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q66HM2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–621； UniProt 1–621

AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA

HOMO SAPIENS

UniProt P63010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （Q66HM2） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU, × 1 （P84092） TGN38 CARGO PEPTIDE × 1 AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA × 1 （P62743） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （Q66HM2） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU, × 1 （P84092） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA × 1 （P62743） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	AP2B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592

AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU,

RATTUS NORVEGICUS

UniProt P84092

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （Q66HM2） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA × 1 （P63010） TGN38 CARGO PEPTIDE × 1 AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA × 1 （P62743） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （Q66HM2） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA × 1 （P62743） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2M1_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236 作者链 M； PDB构建体 248–446； UniProt 237–435

AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA

MUS MUSCULUS

UniProt P62743

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （Q66HM2） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU, × 1 （P84092） TGN38 CARGO PEPTIDE × 1 SULFATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （Q66HM2） AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA × 1 （P63010） AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU, × 1 （P84092） SULFATE ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2S1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xa7
沉积日期 deposition_date	2010-03-29
结构标题 title	AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides
关键词 keywords	PHOSPHOPROTEIN, PROTEIN TRANSPORT, ENDOCYTOSIS, CELL MEMBRANE, LIPID-BINDING; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xa7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xa7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xa7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.99 Å
Rg（电子密度）	39.24 Å
总 Rg	39.76 Å
原子数	14080
残基数	1762
排除体积	253330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xa7__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2xa7__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2xa7__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT
分子量 formula_weight	69656.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14137

MPAVSKGEGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAVNLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDTMDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSASTDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHDSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSNAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAKTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQDVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKG

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	67091.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRKH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU,
分子量 formula_weight	51044.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIGWRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSMEQKLISEEDLGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLKVRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	TGN38 CARGO PEPTIDE
分子量 formula_weight	808.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

DYQRLN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA
分子量 formula_weight	17038.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAYLEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2xa7A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2xa7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2xa7M01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2xa7S00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	255.316 Å
晶胞边长 b length_b	255.316 Å
晶胞边长 c length_c	156.754 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	127.880 Å
R 因子 r_factor	0.2388
R_work r_work	0.2364
R_free r_free	0.2846

AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADAPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEX 2, ALPHA 2 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 COMPLEX SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 COMPLEX SUBUNIT MU,

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 COMPLEX SUBUNIT SIGMA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xa7__assembly_2__model_1

2xa7__assembly_2__model_1 | I(q)

2xa7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)