2xay

Ribonucleotide reductase Y730NO2Y and C439A modified R1 subunit of E. coli

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 159.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA

ESCHERICHIA COLI

UniProt P00452

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–761 链 B; UniProt 1–761 片段:RESIDUES 1-761 突变:YES 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA × 6 (P69924) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;LITHIUM SULPHATE 1.5M, SODIUM CHLORIDE BUFFER PH 6. 分辨率 2.65 Å R-free 0.235
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–761 片段:RESIDUES 1-761 突变:YES 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA × 6 (P69924) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;LITHIUM SULPHATE 1.5M, SODIUM CHLORIDE BUFFER PH 6. 分辨率 2.65 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、103 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIR1_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761 作者链 B; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761 作者链 C; PDB构建体 1–761; UniProt 1–761

RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA

物种未注明

UniProt P69924

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 357–376 链 E; UniProt 357–376 片段:RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-PEPTIDE, RESIDUES 357-376 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA × 6 (P00452) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;LITHIUM SULPHATE 1.5M, SODIUM CHLORIDE BUFFER PH 6. 分辨率 2.65 Å R-free 0.235
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 357–376 片段:RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-PEPTIDE, RESIDUES 357-376 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA × 6 (P00452) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;LITHIUM SULPHATE 1.5M, SODIUM CHLORIDE BUFFER PH 6. 分辨率 2.65 Å R-free 0.235
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 357–376 片段:RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-PEPTIDE, RESIDUES 357-376 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;LITHIUM SULPHATE 1.5M, SODIUM CHLORIDE BUFFER PH 6. 分辨率 2.65 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 62 个其他 PDB 条目、124 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIR2_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–20; UniProt 357–376 作者链 E; PDB构建体 1–20; UniProt 357–376 作者链 F; PDB构建体 1–20; UniProt 357–376 作者链 P; PDB构建体 1–20; UniProt 357–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2xay

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2xay
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xay
沉积日期 deposition_date2010-04-01
结构标题 titleRibonucleotide reductase Y730NO2Y and C439A modified R1 subunit of E. coli
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, NUCLEOTIDE-BINDING, ALTERNATIVE INITIATION, DNA REPLICATION, ALLOSTERIC ENZYME; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.47
零角强度 I(0) i0909485000.00
分子量 molecular_weight252340.0 kDa
排除体积 excluded_volume316060 ų
包络体积 envelope_volume437350 ų
水化壳体积 shell_volume72168 ų
包络直径 envelope_diameter157.4
壳层 Rg shell_rg54.79
包络 Rg envelope_rg48.40
形状 Rg shape_rg49.50
总 Rg total_rg49.57
总原子数 total_atoms17792
残基数 n_residues2227
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.6
Rg (实空间) rg_real49.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real9.0950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal909600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8773
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary74.8
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.752
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha105300000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.640

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2xayA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2xayB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2xayC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)