SAXSdb — 2y7c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN × 2 （P08957） GENE 0.3 PROTEIN × 2 （P03775）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T1SK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464

TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN

物种未注明

UniProt P08957

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN × 1 （P05719） GENE 0.3 PROTEIN × 2 （P03775）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T1MK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–529； UniProt 1–529 作者链 C； PDB构建体 1–529； UniProt 1–529

GENE 0.3 PROTEIN

ENTEROBACTERIA PHAGE T7

UniProt P03775

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN × 1 （P05719） TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN × 2 （P08957）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V03_BPT7
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116 作者链 E； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y7c
沉积日期 deposition_date	2011-01-31
结构标题 title	Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2y7c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2y7c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2y7c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.48 Å
Rg（电子密度）	39.76 Å
总 Rg	40.20 Å
原子数	13725
残基数	1735
排除体积	242540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2y7c__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN
分子量 formula_weight	51468.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13725

MSAGKLPEGWVIAPVSTVTTLIRGVTYKKEQAINYLKDDYLPLIRANNIQNGKFDTTDLVFVPKNLVKESQKISPEDIVIAMSSGSKSVVGKSAHQHLPFECSFGAFCGVLRPEKLIFSGFIAHFTKSSLYRNKISSLSAGANINNIKPASFDLINIPIPPLAEQKIIAEKLDTLLAQVDSTKARFEQIPQILKRFRQAVLGGAVNGKLTEKWRNFEPQHSVFKKLNFESILTELRNGLSSKPNESGVGHPILRISSVRAGHVDQNDIRFLECSESELNRHKLQDGDLLFTRYNGSLEFVGVCGLLKKLQHQNLLYPDKLIRARLTKDALPEYIEIFFSSPSARNAMMNCVKTTSGQKGISGKDIKSQVVLLPPVKEQAEIVRRVEQLFAYADTIEKQVNNALARVNNLTQSILAKAFRGELTAQWRAENPDLISGENSAAALLEKIKAERAASGGKKASRKKS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN
分子量 formula_weight	59378.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.3, 2.1.1.72
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MNNNDLVAKLWKLCDNLRDGGVSYQNYVNELASLLFLKMCKETGQEAEYLPEGYRWDDLKSRIGQEQLQFYRKMLVHLGEDDKKLVQAVFHNVSTTITEPKQITALVSNMDSLDWYNGAHGKSRDDFGDMYEGLLQKNANETKSGAGQYFTPRPLIKTIIHLLKPQPREVVQDPAAGTAGFLIEADRYVKSQTNDLDDLDGDTQDFQIHRAFIGLELVPGTRRLALMNCLLHDIEGNLDHGGAIRLGNTLGSDGENLPKAHIVATNPPFGSAAGTNITRTFVHPTSNKQLCFMQHIIETLHPGGRAAVVVPDNVLFEGGKGTDIRRDLMDKCHLHTILRLPTGIFYAQGVKTNVLFFTKGTVANPNQDKNCTDDVWVYDLRTNMPSFGKRTPFTDEHLQPFERVYGEDPHGLSPRTEGEWSFNAEETEVADSEENKNTDQHLATSRWRKFSREWIRTAKSDSLDISWLKDKDSIDADSLPEPDVLAAEAMGELVQALSELDALMRELGASDEADLQRQLLEEAFGGVKE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GENE 0.3 PROTEIN
分子量 formula_weight	13689.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MAMSNMTYNNVFDHAYEMLKENIRYDDIRDTDDLHDAIHMAADNAVPHYYADIFSVMASEGIDLEFEDSGLMPDTKDVIRILQARIYEQLTIDLWEDAEDLLNEYLEEVEEYEEDE

来源 Source

来源生物 organism	ENTEROBACTERIA PHAGE T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	18.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	18.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17807

Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GENE 0.3 PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y7c__assembly_1__model_1

2y7c__assembly_1__model_1 | I(q)

2y7c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE-1 RESTRICTION ENZYME ECOKI SPECIFICITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TYPE I RESTRICTION ENZYME ECOKI M PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GENE 0.3 PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y7c__assembly_1__model_1

2y7c__assembly_1__model_1 | I(q)

2y7c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)