8zek

Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zek
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
结构标题 title	Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr
关键词 keywords	methyltransferase, complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.92 Å
零角强度 I(0) i0	400206000.00
分子量 molecular_weight	163950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	204840 Å³
包络体积 envelope_volume	274950 Å³
水化壳体积 shell_volume	55096 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.87 Å
包络 Rg envelope_rg	41.11 Å
形状 Rg shape_rg	41.93 Å
总 Rg total_rg	42.14 Å
总原子数 total_atoms	11560
残基数 n_residues	1426
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.8 Å
Rg (实空间) rg_real	42.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	400200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8870
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.671
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
分子量 formula_weight	138043.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11560

MNTNNIKKYAPQARNDFRDAVIQKLTTLGIAADKKGNLQIAEAETIGETVRYGQFDYPLSTLPRRERLVKRAREQGFEVLVEHCAYTWFNRLCAIRYMELHGYLDHGFRMLSHPETPTAFEVLDHVPEVAEALLPESKAQLVEMKLSGNQDEALYRELLLGQCHALHHAMPFLFEAVDDEAELLLPDNLTRTDSILRGLVDDIPEEDWEQVEVIGWLYQFYISEKKDAVIGKVVKSEDIPAATQLFTPNWIVQYLVQNSVGRQWLQTYPDSPLKDKMEYYIEPAEQTPEVQAQLAAITPASIEPESIKVLDPACGSGHILTEAYNVLKAIYEERGYRTRDIPQLILENNIFGLDIDDRAAQLSGFAMLMLARQDDRRILGRGVRLNIVSLQESKLDIAEVWTKLNFHQHMQRGSMGDMFTQGTALANTDSAEYKLLMRTLALFTSAKTLGSLIQVPQEDEAALKAFLEGLYRLAVEGDIQQKEAAAELIPYIQQAWILAQRYDAVVANPPYMGGKGMNGDLKEFAKKQFPDSKSDLFAMFMQHAFSLLKENGFNAQVNMQSWMFLSSYEALRGWLLDNKTFITMAHLGARAFGQISGEVVQTTAWVIKNNHSGFYKPVFFRLVDDNEEHKKNNLLNRMNCFKNTLQNDFKKIPGSPIAYWATLAFINSFLKLPALGTRAVKGLDTNGSIDVFLRRWPEVSINSFDALGKGNSKWFPIAKGGELRKWFGNHEYIINYENDGIELRKNKANLRNKDMYFQEGGTWTVVSTTGFSMRYMPKGFLFDQGGSAVFCENNDELSIYNILACMNSKYINYSASLICPTLNFTTGDVRKFPVIKNNHLEDLAKKAIEISKADWNQFETSWEFSKNKLIEHKGNVAYSYASYCNFQDKLYEQLVNIEKNINNIIEEILGFKIETTENSELITLNSNKIYRYGQSETNDTFLNRHRSDTISELISYSVGCQMGRYSLDREGLVYAHEGNKGFADLVAEGAYKTFPADSDGILPLMDDEWFEDDVTSRVKEFVRTVWGEEHLQENLEFIAESLCLYAIKPKKGESALETIRRYLSTQFWKDHMKMYKKRPIYWLFSSGKEKAFECLVYLHRYNDATLSRMRTEYVVPLLARYQANIDRLNDQLDEASGGEATRLKRERDSLIKKFSELRSYDDRLRHYADMRISIDLDDGVKVNYGKFGDLLADVKAITGNAPEVI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Protein Ocr
分子量 formula_weight	13819.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MAMSNMTYNNVFDHAYEMLKENIRYDDIRDTDDLHDAIHMAADNAVPHYYADIFSVMASEGIDLEFEDSGLMPDTKDVIRILQARIYEQLTIDLWEDAEDLLNEYLEEVEEYEEDEE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	448285

fit	/app/data/saxs_computation/ze/8zek/8zek.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/8zek/8zek.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/8zek/8zek.dat

Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)