SAXSdb — 2zfe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriorhodopsin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 3	3-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose × 3 RETINAL × 3 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE × 3 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL × 3 3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL × 9 XENON × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BACR_HALSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zfe
沉积日期 deposition_date	2007-12-31
结构标题 title	Crystal structure of bacteriorhodopsin-xenon complex
关键词 keywords	;hydrophobic cavity, Chromophore, Hydrogen ion transport, Ion transport, Membrane, Photoreceptor protein, Pyrrolidone carboxylic acid, Receptor, Retinal protein, Sensory transduction, Transmembrane, Transport, PROTON TRANSPORT ;; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zfe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zfe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.58 Å
Rg（电子密度）	25.11 Å
总 Rg	26.41 Å
原子数	6177
残基数	681
排除体积	118430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zfe__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriorhodopsin
分子量 formula_weight	28270.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2099

MLELLPTAVEGVSQAQITGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVSDPDAKKFYAITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVPFGGEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADQGTILALVGADGIMIGTGLVGALTKVYSYRFVWWAISTAAMLYILYVLFFGFTSKAESMRPEVASTFKVLRNVTVVLWSAYPVVWLIGSEGAGIVPLNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLRSRAIFGEAEAPEPSAGDGAAATSD

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	3-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	584.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	885.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL
分子量 formula_weight	653.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL
分子量 formula_weight	733.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	XENON
分子量 formula_weight	131.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2zfea_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamily	f.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family family	f.13.1.1 — Bacteriorhodopsin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2zfeA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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晶胞边长 a length_a	102.410 Å
晶胞边长 b length_b	102.410 Å
晶胞边长 c length_c	112.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2790

Crystal structure of bacteriorhodopsin-xenon complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriorhodopsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zfe__assembly_1__model_1

2zfe__assembly_1__model_1 | I(q)

2zfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of bacteriorhodopsin-xenon complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriorhodopsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zfe__assembly_1__model_1

2zfe__assembly_1__model_1 | I(q)

2zfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)