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3a1a

Crystal Structure of the DNMT3A ADD domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 48.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

Homo sapiens

UniProt Q9Y6K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 476–614 片段：ADD(ATRX-DNMT3-DNMT3L) domain, residues 476-614 ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；17% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3A1A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2QRV Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex 提交 2007-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 624–909（286 aa） 片段：residues 623 to 908
链 D 624–909（286 aa） 片段：residues 623 to 908
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.89 Å R-free 0.281
2QRV Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex 提交 2007-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 624–909（286 aa） 片段：residues 623 to 908
链 H 624–909（286 aa） 片段：residues 623 to 908
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.89 Å R-free 0.281
3A1B Crystal structure of the DNMT3A ADD domain in complex with histone H3 提交 2009-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 476–614（139 aa） 片段：ADD(ATRX-DNMT3-DNMT3L) domain(residues 476-614), UNP residues 2-21(Histone H3.1)
未记录 ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 2000 monomethyl ether, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.29 Å R-free 0.224
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 275–427（153 aa） 片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)
未记录 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 275–427（153 aa） 片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)
未记录 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 275–427（153 aa） 片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)
未记录 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 275–427（153 aa） 片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)
未记录 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3LLR Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha 提交 2010-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 275–427（153 aa） 片段：PWWP domain (UNP residues 275-427)
未记录 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3SVM Human MPP8 - human DNMT3AK47me2 peptide 提交 2011-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 40–53（14 aa） 片段：unp residues 40-53
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；30% polyethylene glycol 1500, 20% polyethylene glycol 400 and 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.31 Å R-free 0.272
3SVM Human MPP8 - human DNMT3AK47me2 peptide 提交 2011-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 40–53（14 aa） 片段：unp residues 40-53
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；30% polyethylene glycol 1500, 20% polyethylene glycol 400 and 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.31 Å R-free 0.272
4QBQ Crystal structure of DNMT3a ADD domain bound to H3 peptide 提交 2014-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 479–610（132 aa） 片段：ADD Domain, UNP residues 476-611
链 C 479–610（132 aa） 片段：ADD Domain, UNP residues 476-611
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；29% PEGMME5000, 0.1M Bis-Tris Propane-HCL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.41 Å R-free 0.230
4QBR Crystal structure of DNMT3a ADD domain G550D mutant bound to H3 peptide 提交 2014-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 476–611（136 aa） 片段：ADD Domain, UNP residues 476-611
突变：G550D ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris-HCL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.225
4QBR Crystal structure of DNMT3a ADD domain G550D mutant bound to H3 peptide 提交 2014-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 476–611（136 aa） 片段：ADD Domain, UNP residues 476-611
突变：G550D ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris-HCL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.225
4QBS Crystal structure of DNMT3a ADD domain E545R mutant bound to H3T3ph peptide 提交 2014-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 476–611（136 aa） 片段：ADD Domain, UNP residues 456-661
突变：E545R ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.203
4U7P Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L complex 提交 2014-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 455–912（458 aa） 片段：UNP residues 455-912
未记录 ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291 K；0.05M Bis-Tris, 0.1M Sodium Malonate, 8% PEG3350
分辨率 3.82 Å R-free 0.269
4U7T Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with histone H3 提交 2014-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 476–912（437 aa） 片段：UNP residues 476-912
链 C 476–912（437 aa） 片段：UNP residues 476-912
未记录 ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Acetate, 0.6M Ammonium Sulfate
分辨率 2.90 Å R-free 0.261
5YX2 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites 提交 2017-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 628–912（285 aa）
链 D 628–912（285 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4, 5% PEG 4000
分辨率 2.65 Å R-free 0.222
6BRR Crystal structure of DNMT3A (R836A)-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites 提交 2017-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 439–723（285 aa）
链 D 439–723（285 aa）
突变：R836A 突变：R836A SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4 and 5% PEG4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.242
6F57 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA 提交 2017-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 628–912（285 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；7% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2, 166 mM imidazole (pH 7.0)
分辨率 3.10 Å R-free 0.242
6F57 Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with single CpG-containing DNA 提交 2017-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 628–912（285 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；7% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2, 166 mM imidazole (pH 7.0)
分辨率 3.10 Å R-free 0.242
6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 224–912（689 aa）
链 P 224–912（689 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
6W89 Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 628–912（285 aa）
链 D 628–912（285 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
6W89 Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 G 628–912（285 aa）
链 J 628–912（285 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
6W8B Structure of DNMT3A in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 628–912（285 aa）
链 D 628–912（285 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000
分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6W8B Structure of DNMT3A in complex with CGA DNA 提交 2020-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 H 628–912（285 aa）
链 K 628–912（285 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000
分辨率 2.40 Å R-free 0.233
6W8D Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGT DNA 提交 2020-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 628–912（285 aa）
链 D 628–912（285 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.253
6W8J Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CAG DNA 提交 2020-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 628–912（285 aa）
链 D 628–912（285 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Sodium Citrate pH 4.4, 0.2 % PEG8000
分辨率 2.44 Å R-free 0.223
8BA5 Crystal structure of the DNMT3A ADD domain 提交 2022-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 476–614（139 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291.15 K；17 % PEG 8000, 0.2 M Magnesiumsulfat, 0.1 M TRIS-HCl pH 7.5
分辨率 1.45 Å R-free 0.213
8QZM Structure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2023-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–912（912 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM HEPES pH 7.5, 65 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM S-Adenosyl methionine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TDR Crystal structure of the methyltransferase domain of DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 B 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 E 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 F 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 3.32 Å R-free 0.240
8TDR Crystal structure of the methyltransferase domain of DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 D 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 G 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 H 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 3.32 Å R-free 0.240
8TE1 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 B 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 E 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 F 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.48 Å R-free 0.226
8TE1 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 D 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 G 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 H 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K 突变：R882H,R676K SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 5 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.48 Å R-free 0.226
8TE3 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882C/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 B 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 E 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 F 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 3.20 Å R-free 0.241
8TE3 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882C/R676K DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 D 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 G 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 H 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K 突变：R882C,R676K SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 3.20 Å R-free 0.241
8TE4 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/N879A DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 B 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 E 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 F 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.65 Å R-free 0.236
8TE4 Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/N879A DNMT3A homotetramer 提交 2023-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 D 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 G 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
链 H 628–912（285 aa） 片段：methyltransferase domain (UNP residues 628-912)
突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A 突变：R882H,N879A SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2-0.4 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.65 Å R-free 0.236
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 A 126–223（98 aa）
链 B 126–223（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 159–228（70 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9E00 Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9E05 The consensus model of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
9E0F A focus of DNMT tetramer (1) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9E0G A focus of tetramer (2) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 K 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
9E2D Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.08 Å
9E2Q Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with a six base pair linker 提交 2024-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9E2R Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome and an histone-3 peptide 提交 2024-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.71 Å
9E3D Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with K120R mutant H2B 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 U 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E3R Cryo-EM structure of PWWP domain deleted DNMT 3A2/3B3 in complex with a di-nucleosome 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
链 W 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
9E3U Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer bound to a di-nucleosome with a 25 base-pair linker 提交 2024-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 U 224–912（689 aa）
链 Y 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
9LQ1 Structure of human DNMT3A-TCL1A complex 提交 2025-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–912（912 aa）
链 F 1–912（912 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out in argon atmosphere
分辨率 3.36 Å
9MP0 The cryo-EM structure of the human DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L dodecamer 提交 2024-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 L 224–912（689 aa）
链 M 224–912（689 aa）
链 N 224–912（689 aa）
链 O 224–912（689 aa）
链 R 224–912（689 aa）
链 S 224–912（689 aa）
链 T 224–912（689 aa）
链 U 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 30 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
9MPO The cryo-EM structure of the human DNA methyltransferase DNMT3A2 and DNMT3L octamer 提交 2024-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 224–912（689 aa）
链 B 224–912（689 aa）
链 C 224–912（689 aa）
链 D 224–912（689 aa）
链 E 224–912（689 aa）
链 F 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9MPP The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L 提交 2024-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 M 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9PRW Cryo-EM structure of human DNMT3A/3L 提交 2025-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 281–912（632 aa）
链 D 281–912（632 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 224–912（689 aa）
链 L 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 a 224–912（689 aa）
链 c 224–912（689 aa）
链 d 224–912（689 aa）
链 f 224–912（689 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 42 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNM3A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–144； UniProt 476–614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3a1a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3a1a
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▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a1a
沉积日期 deposition_date2009-03-28
结构标题 titleCrystal Structure of the DNMT3A ADD domain
关键词 keywords;zinc-finger, Alternative promoter usage, DNA-binding, Metal-binding, Methyltransferase, Nucleus, Phosphoprotein, S-adenosyl-L-methionine, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.01 Å
零角强度 I(0) i05446260.00
分子量 molecular_weight15247.0 kDa
排除体积 excluded_volume18394 ų
包络体积 envelope_volume21146 ų
水化壳体积 shell_volume12686 ų
包络直径 envelope_diameter47.5 Å
壳层 Rg shell_rg19.96 Å
包络 Rg envelope_rg14.36 Å
形状 Rg shape_rg14.06 Å
总 Rg total_rg15.01 Å
总原子数 total_atoms1042
残基数 n_residues132
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.3 Å
Rg (实空间) rg_real15.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4170e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5446000.0000
解质量估计 total_estimate0.8932
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.9 Å
偏度 Skewness skewness0.117
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha622100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.999
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)