3bgf

X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 168.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1

SARS coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 318–510	未记录	F26G19 Fab × 1 F26G19 Fab × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 S； UniProt 318–510	未记录	F26G19 Fab × 1 F26G19 Fab × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BGF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 A 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 B 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 B 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 C 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 C 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 D 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 D 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 E 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 E 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 F 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 F 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 A 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 B 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 B 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 C 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 C 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 D 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 E 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 E 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184 链 F 900–948（49 aa）片段：residues 900-1184 链 F 1144–1185（42 aa）片段：residues 900-1184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 885–981（97 aa）片段：residues 885-1189 链 A 1145–1189（45 aa）片段：residues 885-1189	未记录	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 885–981（97 aa）片段：residues 885-1189 链 B 1145–1189（45 aa）片段：residues 885-1189	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 885–981（97 aa）片段：residues 885-1189 链 B 1145–1189（45 aa）片段：residues 885-1189	未记录	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1ZV7 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1150–1193（44 aa）片段：residues 1150-1193 链 B 1150–1193（44 aa）片段：residues 1150-1193	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG MME 2000, Nickel chloride, Tris-HCL, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.258
1ZV8 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 901–950（50 aa）片段：residues 901-950 链 B 1150–1185（36 aa）片段：residues 1150-1185 链 C 901–950（50 aa）片段：residues 901-950 链 D 1150–1185（36 aa）片段：residues 1150-1185 链 E 901–950（50 aa）片段：residues 901-950 链 F 1150–1185（36 aa）片段：residues 1150-1185	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.94 Å R-free 0.274
1ZV8 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 901–950（50 aa）片段：residues 901-950 链 H 1150–1185（36 aa）片段：residues 1150-1185 链 I 901–950（50 aa）片段：residues 901-950 链 J 1150–1185（36 aa）片段：residues 1150-1185 链 K 901–950（50 aa）片段：residues 901-950 链 L 1150–1185（36 aa）片段：residues 1150-1185	未记录	NA SODIUM ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.94 Å R-free 0.274
1ZVA A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 926–962（37 aa）片段：residues 926-962 and residues 1150-1183 链 A 1150–1183（34 aa）片段：residues 926-962 and residues 1150-1183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 1500, sodium formate, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.246
1ZVB A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 940–973（34 aa）片段：residues 940-973 链 B 940–973（34 aa）片段：residues 940-973 链 C 940–973（34 aa）片段：residues 940-973	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, isopropanol, sodium citrate, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2AJF Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor 提交 2005-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 323–502（180 aa）片段：receptor-binding domain, residues 323-502	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2AJF Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor 提交 2005-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 323–502（180 aa）片段：receptor-binding domain, residues 323-502	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2BEQ Structure of a Proteolytically Resistant Core from the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus S2 Fusion Protein 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 914–949（36 aa）片段：RESIDUES 914-949 链 B 914–949（36 aa）片段：RESIDUES 914-949 链 C 914–949（36 aa）片段：RESIDUES 914-949 链 D 1148–1193（46 aa）片段：RESIDUES 1148-1193 链 E 1148–1193（46 aa）片段：RESIDUES 1148-1193 链 F 1148–1193（46 aa）片段：RESIDUES 1148-1193	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PEG8K, PH 7.0 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200MM SODIUM ACETATE	分辨率 1.60 Å R-free 0.241
2BEZ Structure of a proteolitically resistant core from the severe acute respiratory syndrome coronavirus S2 fusion protein 提交 2004-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 896–972（77 aa）片段：RESIDUES 896-972 链 F 1142–1183（42 aa）片段：RESIDUES 1142-1183	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS-HCL, PH 7.0, 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NACL	分辨率 1.60 Å R-free 0.244
2DD8 Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2006-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 317–518（202 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, residues 317-518	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；15v/v% Glycerol, 20% PEG 6000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2DD8 Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2006-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 317–518（202 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, residues 317-518	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；15v/v% Glycerol, 20% PEG 6000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2FXP Solution Structure of the SARS-Coronavirus HR2 Domain 提交 2006-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1140–1193（54 aa）片段：HR2 domain, residues 1140-1193 链 B 1140–1193（54 aa）片段：HR2 domain, residues 1140-1193 链 C 1140–1193（54 aa）片段：HR2 domain, residues 1140-1193	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient NMR样品组成 1 mM monomer, 10 mM PO4, pH 7.0, 30% TFE	分辨率未提供
2GHV Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain 提交 2006-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 317–512（196 aa）片段：RBD of spike protein S1 (318-510) 链 E 317–512（196 aa）片段：RBD of spike protein S1 (318-510)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；4% PEG4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.20 Å R-free 0.213
2GHW Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R 提交 2006-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–510（194 aa）片段：RBD of spike protein S1 (318-510)	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2GHW Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R 提交 2006-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 317–510（194 aa）片段：RBD of spike protein S1 (318-510)	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2RUM Solution structure of Fusion peptide 提交 2014-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 770–788（19 aa）	突变：Y2W	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.7；315 K NMR样品组成 125 mM [U-99% 2H] DPC-1, 0.5 mM Fusion Peptide-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RUN Solution Structure of Pre Transmembrane domain 提交 2014-11-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1185–1202（18 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.7；315 K NMR样品组成 0.5 mM Pre transmembrane domain-1, 125 mM [U-99% 2H] DPC-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RUO Solution Structure of Internal Fusion Peptide 提交 2014-11-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 873–888（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.7；315 K NMR样品组成 0.5 mM Internal fusion peptide-1, 125 mM [U-99% 2H] DPC-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3D0G Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus human strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 324–502（179 aa）片段：residues 324-502 链 F 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 324–502（179 aa）片段：residues 324-502 链 F 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 324–502（179 aa）片段：residues 324-502 链 F 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 324–502（179 aa）片段：residues 324-502	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3SCI Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus human strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 306–527（222 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 306-527)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
3SCI Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus human strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 306–527（222 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 306-527)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
3SCJ Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 323–502（180 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 323-502)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3SCJ Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 323–502（180 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 323-502)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3SCK Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 324–502（179 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；20 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3SCK Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 324–502（179 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；20 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3SCL Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from SARS coronavirus epidemic strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 324–502（179 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
3SCL Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from SARS coronavirus epidemic strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 324–502（179 aa）片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
5WRG SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2016-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1196（1196 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1196 链 B 1–1196（1196 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1196 链 C 1–1196（1196 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1196	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
5X4S Structure of the N-terminal domain (NTD)of SARS-CoV spike protein 提交 2017-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–292（279 aa）片段：UNP residues 14-292	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.3 M Na/K hydrogen phosphate	分辨率 2.20 Å R-free 0.282
5XJK NMR Structure and Localization of a Large Fragment of the SARS-CoV Fusion Protein: Implications in Viral Cell Fusion 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 758–821（64 aa）片段：UNP RESIDUES 758-821	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.2 M [U-13C; U-15N] Large Fragment of the SARS-CoV Fusion Protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5XLR Structure of SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1196（1196 aa）链 B 1–1196（1196 aa）链 C 1–1196（1196 aa）	突变：R667A 突变：R667A 突变：R667A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5ZVM Crystal Structure of the Human Coronavirus SARS HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2018-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 892–970（79 aa）片段：UNP residues 892-970 链 B 892–970（79 aa）片段：UNP residues 892-970 链 C 892–970（79 aa）片段：UNP residues 892-970	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；0.2M Li2SO4, 0.1M BIS-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.301
6ACC Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with three RBD in down conformation 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1196（1196 aa）链 B 1–1196（1196 aa）链 C 1–1196（1196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6ACD Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with one RBD in up conformation 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1196（1196 aa）链 B 1–1196（1196 aa）链 C 1–1196（1196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6ACG Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 1 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1196（1196 aa）链 B 1–1196（1196 aa）链 C 1–1196（1196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.40 Å
6ACJ Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 2 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1196（1196 aa）链 B 1–1196（1196 aa）链 C 1–1196（1196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6ACK Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 3 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1196（1196 aa）链 B 1–1196（1196 aa）链 C 1–1196（1196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6CRV SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6CRW SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, single upwards S1 CTD conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CRX SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, two S1 CTDs in the upwards conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CRZ SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6CS0 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, one S1 CTD in an upwards conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6CS1 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, two S1 CTDs in an upwards conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6CS2 SARS Spike Glycoprotein - human ACE2 complex, Stabilized variant, all ACE2-bound particles 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 14–1190（1177 aa）链 B 14–1190（1177 aa）链 C 14–1190（1177 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6M3W Post-fusion structure of SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2020-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 688–1178（491 aa）链 B 688–1178（491 aa）链 C 688–1178（491 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6NB6 SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1) 提交 2018-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 14–1193（1180 aa）链 B 14–1193（1180 aa）链 C 14–1193（1180 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6NB7 SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 2) 提交 2018-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 14–1193（1180 aa）链 B 14–1193（1180 aa）链 C 14–1193（1180 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 306–441（136 aa）链 E 505–521（17 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.	分辨率 2.68 Å R-free 0.229
6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 306–441（136 aa）链 F 505–521（17 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.	分辨率 2.68 Å R-free 0.229
6WAQ Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72 提交 2020-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 320–502（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
6WAQ Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72 提交 2020-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 320–502（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
7FC6 Crystal structure of SARS-CoV RBD and horse ACE2 提交 2021-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 321–512（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.03M Citric acid/0.07M BIS-TRIS propane pH7.6, 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.235
7RKS Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118 提交 2021-07-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 321–510（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
7RKS Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118 提交 2021-07-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 321–510（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
7SG4 Structure of SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047 提交 2021-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1190（1190 aa）链 B 1–1190（1190 aa）链 C 1–1190（1190 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 47	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
7WR9 Local CryoEM structure of the SARS-CoV S2P in complex with BD55-3152 Fab 提交 2022-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 323–502（180 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
7WSF Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2 提交 2022-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 321–502（182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7WSG Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with sea lion ACE2 提交 2022-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 321–502（182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
7X2J Crystal structure of nanobody Nb70 with SARS-CoV RBD 提交 2022-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 306–516（211 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291.15 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 4.4, 21% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7X7V Cryo-EM structure of SARS-CoV spike protein in complex with three nAbs X01, X10 and X17 提交 2022-03-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 320–508（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 306–527（222 aa）片段：receptor binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 306–527（222 aa）片段：receptor binding domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 306–527（222 aa）片段：receptor binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000	分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7ZH1 SARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation 提交 2022-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1193（1180 aa）链 B 14–1193（1180 aa）链 C 14–1193（1180 aa）	未记录	EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.48 Å
7ZH2 SARS CoV Spike protein, Closed C1 conformation 提交 2022-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1193（1180 aa）链 B 14–1193（1180 aa）链 C 14–1193（1180 aa）	未记录	EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.71 Å
7ZH5 SARS CoV Spike protein, Open conformation 提交 2022-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1193（1180 aa）链 B 14–1193（1180 aa）链 C 14–1193（1180 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
8H0X Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-1 Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C	EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
8H0Y Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-112 Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	未记录	EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 46 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å
8H0Z Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-122 Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8H10 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-2 Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8H11 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Closed Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å
8H12 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Locked-2 Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8H13 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Closed Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
8H14 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (D414C and V969C), Locked-1 Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	突变：D414C and V969C 突变：D414C and V969C 突变：D414C and V969C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 EIC LINOLEIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8H15 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Closed Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.54；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
8H16 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Open Conformation 提交 2022-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–1193（1179 aa）链 B 15–1193（1179 aa）链 C 15–1193（1179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.54；Gibco PBS C10010 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
8JAG Cryo-EM structure of SARS-CoV-1 RBD in complex with W328-6H2 (local refinement) 提交 2023-05-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1255（1255 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8KDM Structure of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1190（1190 aa）链 B 1–1190（1190 aa）链 C 1–1190（1190 aa）	突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8KDS Trimer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1190（1190 aa）链 B 1–1190（1190 aa）链 C 1–1190（1190 aa）	突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
8KDT The local refined map of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1190（1190 aa）	突变：S577A, K968P, V969P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8KEK Monomer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1190（1190 aa）	突变：K968P, V969P, S577A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8VPF Structure of SARS-CoV spike in complex with CoV1-65 Fab (NTD-bound) 提交 2024-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1190（1190 aa）链 B 1–1190（1190 aa）链 C 1–1190（1190 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1X TBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8WCG Crystal structure of SARS-CoV-1 RBD in complex with nanobody aSR29 and aSR347 提交 2023-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 320–516（197 aa）链 B 320–516（197 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% w/v PEG4000, 0.1 M Tris 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
8WOZ Cryo-EM structure of SARS-CoV RBD in complex with rabbit ACE2 提交 2023-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 306–527（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
8XZB The structure of fox ACE2 and SARS-CoV RBD complex 提交 2024-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 306–527（222 aa）片段：RBD	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–193； UniProt 318–510 作者链 S； PDB构建体 1–193； UniProt 318–510

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bgf
沉积日期 deposition_date	2007-11-26
结构标题 title	X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab
关键词 keywords	;antigen-antibody complex, Envelope protein, Glycoprotein, Host-virus interaction, Membrane, Transmembrane, Virion, Virulence, Viral Protein-Immune System COMPLEX ;; Viral Protein/Immune System
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.50 Å
零角强度 I(0) i0	268669000.00
分子量 molecular_weight	133590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166780 Å³
包络体积 envelope_volume	240610 Å³
水化壳体积 shell_volume	46843 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.80 Å
包络 Rg envelope_rg	48.87 Å
形状 Rg shape_rg	48.42 Å
总 Rg total_rg	48.54 Å
总原子数 total_atoms	9411
残基数 n_residues	1195
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.9 Å
Rg (实空间) rg_real	48.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	268300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5134
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.712
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.007
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.612; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.044; Positv: 1.000; Valcen: 0.596; Smooth: 0.107

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	21858.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,A
原子数 atom_count	9417

NITNLCPFGEVFNATKFPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATV

来源 Source

来源生物 organism	SARS coronavirus
通用名 common_name	SARS-CoV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F26G19 Fab
分子量 formula_weight	23458.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,C

DILMTQSPSSLSASLGERVSLTCRASQEISGYLSWLQEKPDGTIKRLIYAASTLDSGVPKRFSGSRSGSDYSLTISSLESEDFADYYCLQYVSYPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	F26G19 Fab
分子量 formula_weight	23627.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B

EVQLEESGTVLARPGASVKMSCKASGYTFTTYRMHWIKQRPGQGLEWIGAIYPGNSDTTYNQKFKDKAKLTAVTSTSSAYMELSSLTNEDSAVYFCTREGIPQLLRTLDYWGQGTSVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEP

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3bgfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.318 — SARS receptor-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.318.1 — SARS receptor-binding domain-like
家族 Family family	d.318.1.1 — SARS receptor-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3bgfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bgfc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bgfc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3bgfh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bgfl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bgfl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3bgfs_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.318 — SARS receptor-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.318.1 — SARS receptor-binding domain-like
家族 Family family	d.318.1.1 — SARS receptor-binding domain-like

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3bgfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	3bgfB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3bgfS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.688 Å
晶胞边长 b length_b	73.365 Å
晶胞边长 c length_c	110.782 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2860

fit	/app/data/saxs_computation/bg/3bgf/3bgf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bg/3bgf/3bgf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bg/3bgf/3bgf.dat

X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)