3clz

The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 414–617	片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	5'-D(DGPDGPDGPDCPDCP(5CM)PDGPDCPDAPDGPDGPDG)-3' × 1 5'-D(DCPDCPDCPDTPDGPDCPDGPDGPDGPDCPDCPDC)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 414–617	片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	5'-D(DGPDGPDGPDCPDCP(5CM)PDGPDCPDAPDGPDGPDG)-3' × 1 5'-D(DCPDCPDCPDTPDGPDCPDGPDGPDGPDCPDCPDC)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
3	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 414–617	片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	5'-D(DGPDGPDGPDCPDCP(5CM)PDGPDCPDAPDGPDGPDG)-3' × 1 5'-D(DCPDCPDCPDTPDGPDCPDGPDGPDGPDCPDCPDC)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
4	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 414–617	片段：SRA DOMAIN (UNP residues 414-617)	5'-D(DGPDGPDGPDCPDCP(5CM)PDGPDCPDAPDGPDGPDG)-3' × 1 5'-D(DCPDCPDCPDTPDGPDCPDGPDGPDGPDCPDCPDC)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CLZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta- mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2FAZ Ubiquitin-Like Domain of Human Nuclear Zinc Finger Protein NP95 提交 2005-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–76（76 aa）片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Well Solution: 20.0% P3350, 0.2 M tri-Li Citrate; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM beta- mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2L3R NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Histone H3 peptide 提交 2010-09-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–285（160 aa）片段：unp residues 126-285	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 15N] protein, 0.6 mM [U-100% 13C] protein, 3 mM protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGG Structure of PHD domain of UHRF1 in complex with H3 peptide 提交 2011-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–366（69 aa）片段：UNP RESIDUES 298-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGK NMR Structure of UHRF1 PHD domains in a complex with histone H3 peptide 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–366（69 aa）片段：UNP RESIDUES 298-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.13 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGL NMR structure of the UHRF1 PHD domain 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–366（69 aa）片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 137 mM sodium chloride-2, 10 mM potassium phosphate-3, 3 mM DTT-4, 2.7 mM potassium chloride-5, 0.1 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PB7 Crystal Structure of the SRA domain of the human UHRF1 protein 提交 2007-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 408–643（236 aa）片段：SRA domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；14-19% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 134–367（234 aa）片段：tandem Tudor domain, PHD finger (residues 134-366)	突变：residues 167-175 was deleted.	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：PHD finger domain	未记录	ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.41 Å R-free 0.196
3BI7 Crystal structure of the SRA domain of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–617（204 aa）片段：SRA Domain: Residues 414-617	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；1:1 ratio of protein (34 mg/ml) solution and well solution consisting of 1.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M NaCl, 1 mM TCEP. Crystals cryoprotected by immersion in the well solution mixed in 1:1 ratio with a water solution containing 20% (w/v) Sucrose, 4% (w/v) Glucose, 18% (v/v) Glycerol and 18% (v/v) Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
3DB3 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 in complex with trimethylated histone H3-K9 peptide 提交 2008-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 126–285（160 aa）片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3DB4 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–285（160 aa）片段：Tandem Tudor Domains (UNP residues 126-285)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10 % PEG 8000, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.001 M TCEP, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3DWH Structural and Functional Analysis of SRA domain 提交 2008-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–617（204 aa）片段：SRA domain, YDG Domain, residues 414-617	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100mM Tris-Hcl 1.2M ammonium Sulfate 0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
3FL2 Crystal structure of the ring domain of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 提交 2008-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 672–793（122 aa）片段：ring domain (UNP residues 672-793)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG MME 2000, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
3SHB Crystal Structure of PHD Domain of UHRF1 提交 2011-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–366（69 aa）片段：PHD domain (UNP RESIDUES 298-366)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M TRIS hydrochloride (pH8.5), 30% w/v Polyethylene glycerol 4000, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOU Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367) 链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOW Structure of UHRF1 PHD finger in complex with histone H3K4me3 1-9 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367) 链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3SOX Structure of UHRF1 PHD finger in the free form 提交 2011-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 298–367（70 aa）片段：UHRF1 (UNP Residues 298-367)	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 299–364（66 aa）片段：UNP residues 299-364	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3T6R Structure of UHRF1 in complex with unmodified H3 N-terminal tail 提交 2011-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 299–364（66 aa）片段：UNP residues 299-364	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 296–367（72 aa）片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367	未记录	ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.	分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 296–367（72 aa）片段：PHD FINGER, RESIDUES 296-367	未记录	ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.	分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3ZVZ PHD finger of human UHRF1 提交 2011-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 314–367（54 aa）片段：PHD FINGER, RESIDUES 314-367	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.197
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 134–366（233 aa）片段：Tudor PHD domain, UNP residues 134-366	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.96 Å R-free 0.288
4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–285（160 aa）片段：unp residues 126-285	未记录	36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop	分辨率 2.28 Å R-free 0.250
4QQD Crystal Structure of tandem tudor domains of UHRF1 in complex with a small organic molecule 提交 2014-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 126–285（160 aa）片段：unp residues 126-285	未记录	36X 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG-3350, 0.2 M magnesium nitrate, vapor diffusion, sitting drop	分辨率 2.28 Å R-free 0.250
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 634–665（32 aa）片段：UNP residues 634-665	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000	分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 634–665（32 aa）片段：UNP residues 634-665	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000	分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5IAY NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Spacer peptide 提交 2016-02-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–285（152 aa）片段：UNP residues 134-285	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；297.15 K NMR样品组成 1.0 mM [U-13C; U-15N] TTD, 1.2 mM Spacer, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-15N] Spacer, TTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5XPI Structure of UHRF1 TTD in complex with NV01 提交 2017-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 127–283（157 aa）片段：UNP residues 127-283	未记录	8C3 N-[3-(diethylamino)propyl]-2-(12-methyl-9-oxidanylidene-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^2,6]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；2.7 M Na formate and 0.1 M Na acetate pH 5.2	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 123–285（163 aa）片段：Tandem Tudor Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5YY9 Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 in complex with LIG1-K126me3 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 123–285（163 aa）片段：Tandem Tudor Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；00 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.288
5YYA Crystal structure of Tandem Tudor Domain of human UHRF1 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–285（163 aa）片段：Tandem Tudor Domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6B9M Crystal structure of UHRF1 TTD domain in complex with the polybasic region 提交 2017-10-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 638–678（41 aa）片段：unp residues 638-678	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Succinic acid pH7.0, 15% (v/v) Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.68 Å R-free 0.207
6IIW Crystal structure of human UHRF1 PHD finger in complex with PAF15 提交 2018-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–366（68 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 70% (v/v) MPD	分辨率 1.70 Å R-free 0.189
6VCS SRA domain of UHRF1 in complex with DNA 提交 2019-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 427–630（204 aa）链 B 427–630（204 aa）链 E 427–630（204 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 66	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M sodium malonate, 12% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.258
6VED Solution structure of the TTD and linker region of UHRF1 提交 2019-12-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 146–313（168 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 150 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6VYJ Human UHRF1 TTD domain in complex with a fragment 提交 2020-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–283（162 aa）	未记录	RVV 2,4-dimethylpyridine × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Bis-Tris, pH 5.75, 35 % w/v PEG 3350. The crystals were cryo-preserved by 25% glucose	分辨率 1.39 Å R-free 0.226
6W92 Human UHRF1 TTD domain 提交 2020-03-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–296（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；295 K；0.1 M Bis-Tris, pH = 5.5, 25 % w/v PEG 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.185
7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–285（163 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.173
7FB7 Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine 提交 2021-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–285（163 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 8NF 5-amino-2,4-dimethylpyridine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.173
8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–617（204 aa）	未记录	8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
8JIG A Novel UHRF1-Targeted Compound 提交 2023-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 414–617（204 aa）	未记录	8JA N-[2,4-bis(oxidanylidene)-1H-pyrimidin-5-yl]-N'-oxidanyl-octanediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bris-Tris, pH 6.0, 0.2M NaCl, 1mM TCEP, 2.2-2.4mM ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
8WMS Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain 提交 2023-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–366（68 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM tri-potassium phosphate and 20% (w/v) PEG3,350	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8XV4 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.168
8XV6 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with mStella peptide (residues 85-119) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 3 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.168
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV7 Crystal structure of TTD-PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 134–366（233 aa）片段：TTD-PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.226
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
8XV8 Crystal structure of PHD domain of UHRF1 in complex with hStella peptide (residues 75-121) 提交 2024-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 298–367（70 aa）片段：PHD domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.207
9LN6 Structure of human NLRP14-UHRF1 complex 提交 2025-01-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–78（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å
9LPK Structure of human PADI6-UHRF1-UBE2D3 complex 提交 2025-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–793（793 aa）链 F 1–793（793 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.03 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–793（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–793（793 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 44 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UHRF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–205； UniProt 414–617 作者链 B； PDB构建体 2–205； UniProt 414–617 作者链 C； PDB构建体 2–205； UniProt 414–617 作者链 D； PDB构建体 2–205； UniProt 414–617

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3clz
沉积日期 deposition_date	2008-03-20
结构标题 title	The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA
关键词 keywords	;CELL CYCLE, DNA DAMAGE, DNA REPAIR, DNA-BINDING, BASE FLIPPING, LIGASE, METAL BINDING, NUCLEASE, DNA REPLICATION, TRANSCRIPTIONAL SILENCING, CHROMATIN, PHOSPHORYLATION, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION REGULATION, UBL CONJUGATION, UBL CONJUGATION PATHWAY, ZINC, ZINC-FINGER, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Polymorphism ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.46 Å
零角强度 I(0) i0	316796000.00
分子量 molecular_weight	120590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140560 Å³
包络体积 envelope_volume	202720 Å³
水化壳体积 shell_volume	44583 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.1 Å
壳层 Rg shell_rg	43.68 Å
包络 Rg envelope_rg	37.40 Å
形状 Rg shape_rg	38.42 Å
总 Rg total_rg	38.82 Å
总原子数 total_atoms	8407
残基数 n_residues	919
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.5 Å
Rg (实空间) rg_real	39.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	316800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.032
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.697
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.892

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
分子量 formula_weight	23769.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9090

MPSNHYGPIPGIPVGTMWRFRVQVSESGVHRPHVAGIHGRSNDGAYSLVLAGGYEDDVDHGNFFTYTGSGGRDLSGNKRTAEQSCDQKLTNTNRALALNCFAPINDQEGAEAKDWRSGKPVRVVRNVKGGKNSKYAPAEGNRYDGIYKVVKYWPEKGKSGFLVWRYLLRRDDDEPGPWTKEGKDRIKKLGLTMQYPEGYLEALANAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(DGPDGPDGPDCPDCP(5CM)PDGPDCPDAPDGPDGPDG)-3'
分子量 formula_weight	3743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G,I,K

GGGCCCGCAGGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(DCPDCPDCPDTPDGPDCPDGPDGPDGPDCPDCPDC)-3'
分子量 formula_weight	3600.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H,J,L

CCCTGCGGGCCC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	640

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3clza2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d3clza3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3clzb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d3clzb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3clzc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d3clzc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3clzd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d3clzd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3clzA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

结构域编号 domain_id	3clzB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

结构域编号 domain_id	3clzC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

结构域编号 domain_id	3clzD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	76.198 Å
晶胞边长 b length_b	111.359 Å
晶胞边长 c length_c	97.403 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	38.630 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1888
R_free r_free	0.2315

fit	/app/data/saxs_computation/cl/3clz/3clz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cl/3clz/3clz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cl/3clz/3clz.dat

The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)