9m76

UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 153.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m76
沉积日期 deposition_date	2025-03-09
结构标题 title	UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain.
关键词 keywords	Epigenetic reader/writer protein involved in DNA methylation., DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.35 Å
零角强度 I(0) i0	1396790000.00
分子量 molecular_weight	244880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279910 Å³
包络体积 envelope_volume	438220 Å³
水化壳体积 shell_volume	80497 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.32 Å
包络 Rg envelope_rg	44.15 Å
形状 Rg shape_rg	45.29 Å
总 Rg total_rg	45.69 Å
总原子数 total_atoms	31161
残基数 n_residues	1657
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1397000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8845
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.262
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.348
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	87160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F
原子数 atom_count	31161

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	14109.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13965.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15435.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (144-MER)
分子量 formula_weight	44262.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGCAAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (144-MER)
分子量 formula_weight	44648.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTTGCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
分子量 formula_weight	89948.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MWIQVRTMDGRQTHTVDSLSRLTKVEELRRKIQELFHVEPGLQRLFYRGKQMEDGHTLFDYEVRLNDTIQLLVRQSLVLPHSTKERDSELSDTDSGCCLGQSESDKSSTHGEAAAETDSRPADEDMWDETELGLYKVNEYVDARDTNMGAWFEAQVVRVTRKAPSRDEPCSSTSRPALEEDVIYHVKYDDYPENGVVQMNSRDVRARARTIIKWQDLEVGQVVMLNYNPDNPKERGFWYDAEISRKRETRTARELYANVVLGDDSLNDCRIIFVDEVFKIERPGEGSPMVDNPMRRKSGPSCKHCKDDVNRLCRVCACHLCGGRQDPDKQLMCDECDMAFHIYCLDPPLSSVPSEDEWYCPECRNDASEVVLAGERLRESKKKAKMASATSSSQRDWGKGMACVGRTKECTIVPSNHYGPIPGIPVGTMWRFRVQVSESGVHRPHVAGIHGRSNDGAYSLVLAGGYEDDVDHGNFFTYTGSGGRDLSGNKRTAEQSCDQKLTNTNRALALNCFAPINDQEGAEAKDWRSGKPVRVVRNVKGGKNSKYAPAEGNRYDGIYKVVKYWPEKGKSGFLVWRYLLRRDDDEPGPWTKEGKDRIKKLGLTMQYPEGYLEALANREREKENSKREEEEQQEGGFASPRTGKGKWKRKSAGGGPSRAGSPRRTSKKTKVEPYSLTAQQSSLIREDKSNAKLWNEVLASLKDRPASGSPFQLFLSKVEETFQCICCQELVFRPITTVCQHNVCKDCLDRSFRAQVFSCPACRYDLGRSYAMQVNQPLQTVLNQLFPGYGNGR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	48320

fit	/app/data/saxs_computation/m7/9m76/9m76.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m7/9m76/9m76.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m7/9m76/9m76.dat

UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)