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3cm2

Crystal Structure of XIAP BIR3 domain in complex with a Smac-mimetic compound, Smac010

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baculoviral IAP repeat-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt P98170

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 2 water × 2 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
13 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
14 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
15 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 2 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 2 water × 2 与蛋白数一致
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 2 water × 2 与蛋白数一致
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 2 water × 2 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ;(3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide ; × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1c9q 1f9x 1tfq 1tft 2ecg 2jk7 2kna 3clx 3clx 3clx 3clx 3cm2

共 81 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
2opy 2poi 2qra 2qra 3clx 3clx 3cm2 3cm2 3cm2 3cm2 3cm2 3cm7

共 35 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1g3f 1g73 1g73 1i3o 1i4o 1i4o 1i4o 1i51 1kmc 1nw9 2opz 2opz

共 29 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIRC4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 B； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 C； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 D； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 E； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 F； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 G； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 H； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 I； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356 作者链 J； PDB构建体 15–130； UniProt 241–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cm2
沉积日期 deposition_date2008-03-20
结构标题 titleCrystal Structure of XIAP BIR3 domain in complex with a Smac-mimetic compound, Smac010
关键词 keywords;Zinc-finger, Apoptosis, Cytoplasm, Ligase, Metal-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, Protease inhibitor, Thiol protease inhibitor, Ubl conjugation, Ubl conjugation pathway ;; Ligase, Apoptosis
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cm2__assembly_14__model_1

Assembly 14 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cm2__assembly_14__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cm2__assembly_14__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）15.22 Å
Rg（电子密度）14.28 Å
总 Rg15.57 Å
原子数869
残基数102
排除体积15384 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3cm2__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3cm2__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3cm2__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3cm2__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 3cm2__assembly_5__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 3cm2__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 3cm2__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 3cm2__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 3cm2__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 3cm2__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 3cm2__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 3cm2__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 3cm2__assembly_13__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 3cm2__assembly_14__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 3cm2__assembly_15__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd3cm2a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2c_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2d_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2e_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2f_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2g_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2h_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2i_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
结构域编号 domain_idd3cm2j_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.52 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
超家族 Superfamily superfamilyg.52.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat
家族 Family familyg.52.1.1 — Inhibitor of apoptosis (IAP) repeat

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id3cm2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2I00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
结构域编号 domain_id3cm2J00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
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7. 引用文献 (1)