3co0

Substrate Complex of Fluoride-sensitive Engineered Subtilisin SUBT_BACAM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Subtilisin BPN' ;

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00782

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 32–106 链 S; UniProt 108–382 片段:Prodomain 突变:K27E, V37L, Q40C, K57E, H72K, V73L, A74Y, H75R, Y77L 片段:Enzyme domain 突变:;Q2K, S3C, P5S, S9A, I31L, D32A, K43N, M50F, A73L, Y104A, G128S, E156S, G166S, G169A, S188P, Q206C, N212G, K217L, N218S, S221A, T254A, Q271E ; ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;20 mg/mL ptn, l8% PEG8K, 0.2M ZnAc, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 1.93 Å R-free 0.289
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 32–106 链 S; UniProt 108–382 片段:Prodomain 突变:K27E, V37L, Q40C, K57E, H72K, V73L, A74Y, H75R, Y77L 片段:Enzyme domain 突变:;Q2K, S3C, P5S, S9A, I31L, D32A, K43N, M50F, A73L, Y104A, G128S, E156S, G166S, G169A, S188P, Q206C, N212G, K217L, N218S, S221A, T254A, Q271E ; ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;20 mg/mL ptn, l8% PEG8K, 0.2M ZnAc, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 1.93 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 62 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUBT_BACAM
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 3–75; UniProt 32–106 作者链 S; PDB构建体 1–266; UniProt 108–382

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3co0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3co0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3co0
沉积日期 deposition_date2008-03-26
结构标题 titleSubstrate Complex of Fluoride-sensitive Engineered Subtilisin SUBT_BACAM
关键词 keywordsfluoride activated protease, anion sensor, Hydrolase, Metal-binding, Secreted, Serine protease, Sporulation, Zymogen; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.75
零角强度 I(0) i020838400.00
分子量 molecular_weight34245.0 kDa
排除体积 excluded_volume42634 ų
包络体积 envelope_volume47892 ų
水化壳体积 shell_volume20492 ų
包络直径 envelope_diameter72.2
壳层 Rg shell_rg26.26
包络 Rg envelope_rg20.18
形状 Rg shape_rg19.73
总 Rg total_rg20.66
总原子数 total_atoms2397
残基数 n_residues334
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.0
Rg (实空间) rg_real20.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real2.0840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8637
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.0
偏度 Skewness skewness0.357
峰度 Kurtosis kurtosis-0.246
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7692000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3co0p1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.3 — Protease propeptides/inhibitors
家族 Family familyd.58.3.2 — Subtilase propeptides/inhibitors
结构域编号 domain_idd3co0p2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3co0s_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3co0P00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9
结构域编号 domain_id3co0S00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)