SAXSdb — 3cwd

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SRC1-2 PEPTIDE × 1 （Q15788） (9E,12Z)-10-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 (9Z,12E)-12-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SRC1-2 PEPTIDE × 1 （Q15788） (9E,12Z)-10-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 (9Z,12E)-12-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPARG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–270； UniProt 236–505 作者链 B； PDB构建体 1–270； UniProt 236–505

SRC1-2 PEPTIDE

物种未注明

UniProt Q15788

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma × 1 （P37231） (9E,12Z)-10-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 (9Z,12E)-12-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma × 1 （P37231） (9E,12Z)-10-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 (9Z,12E)-12-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCOA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–16； UniProt 685–700 作者链 D； PDB构建体 1–16； UniProt 685–700

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cwd
沉积日期 deposition_date	2008-04-21
结构标题 title	Molecular recognition of nitro-fatty acids by PPAR gamma
关键词 keywords	;ppar gamma, nuclear receptor, SRC1-2 motif, Activator, Alternative splicing, Diabetes mellitus, Disease mutation, DNA-binding, Metal-binding, Nucleus, Obesity, Phosphoprotein, Polymorphism, Transcription, Transcription regulation, Zinc, Zinc-finger ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cwd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cwd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cwd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.20 Å
Rg（电子密度）	18.81 Å
总 Rg	19.92 Å
原子数	2213
残基数	273
排除体积	40113 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cwd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cwd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
分子量 formula_weight	30867.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4798

SADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SRC1-2 PEPTIDE
分子量 formula_weight	1905.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ERHKILHRLLQEGSPS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(9E,12Z)-10-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid
分子量 formula_weight	325.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(9Z,12E)-12-nitrooctadeca-9,12-dienoic acid
分子量 formula_weight	325.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	263

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3cwda_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d3cwdb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3cwdA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	3cwdB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

▶

晶胞边长 a length_a	84.043 Å
晶胞边长 b length_b	86.197 Å
晶胞边长 c length_c	97.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	43.110 Å
R 因子 r_factor	0.2357
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2900

Molecular recognition of nitro-fatty acids by PPAR gamma

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SRC1-2 PEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cwd__assembly_1__model_1

3cwd__assembly_1__model_1 | I(q)

3cwd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Molecular recognition of nitro-fatty acids by PPAR gamma

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SRC1-2 PEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cwd__assembly_1__model_1

3cwd__assembly_1__model_1 | I(q)

3cwd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)