SAXSdb — 3dl8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit secA

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase subunit secY × 1 （O66491） SecE × 1 Protein-export membrane protein secG × 1 （O66505）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase subunit secY × 1 （O66491） SecE × 1 Protein-export membrane protein secG × 1 （O66505）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–779； UniProt 1–779 作者链 B； PDB构建体 1–779； UniProt 1–779

Preprotein translocase subunit secY

Aquifex aeolicus

UniProt O66491

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （P28366） SecE × 1 Protein-export membrane protein secG × 1 （O66505）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （P28366） SecE × 1 Protein-export membrane protein secG × 1 （O66505）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECY_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429 作者链 H； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429

Protein-export membrane protein secG

Aquifex aeolicus

UniProt O66505

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （P28366） Preprotein translocase subunit secY × 1 （O66491） SecE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （P28366） Preprotein translocase subunit secY × 1 （O66491） SecE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECG_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100 作者链 F； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dl8
沉积日期 deposition_date	2008-06-26
结构标题 title	Structure of the complex of aquifex aeolicus SecYEG and bacillus subtilis SecA
关键词 keywords	;RecA-type ATPase membrane protein translocation Protein-protein complex, ATP-binding, Cell membrane, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Protein transport, Translocation, Transport, Transmembrane ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dl8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dl8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dl8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.86 Å
Rg（电子密度）	35.42 Å
总 Rg	35.73 Å
原子数	5116
残基数	1279
排除体积	70650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dl8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3dl8__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein translocase subunit secA
分子量 formula_weight	88803.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10232

MLGILNKMFDPTKRTLNRYEKIANDIDAIRGDYENLSDDALKHKTIEFKERLEKGATTDDLLVEAFAVVREASRRVTGMFPFKVQLMGGVALHDGNIAEMKTGEGKTLTSTLPVYLNALTGKGVHVVTVNEYLASRDAEQMGKIFEFLGLTVGLNLNSMSKDEKREAYAADITYSTNNELGFDYLRDNMVLYKEQMVQRPLHFAVIDEVDSILIDEARTPLIISGQAAKSTKLYVQANAFVRTLKAEKDYTYDIKTKAVQLTEEGMTKAEKAFGIDNLFDVKHVALNHHINQALKAHVAMQKDVDYVVEDGQVVIVDSFTGRLMKGRRYSEGLHQAIEAKEGLEIQNESMTLATITFQNYFRMYEKLAGMTGTAKTEEEEFRNIYNMQVVTIPTNRPVVRDDRPDLIYRTMEGKFKAVAEDVAQRYMTGQPVLVGTVAVETSELISKLLKNKGIPHQVLNAKNHEREAQIIEEAGQKGAVTIATNMAGRGTDIKLGEGVKELGGLAVVGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGITQFYLSMEDELMRRFGAERTMAMLDRFGMDDSTPIQSKMVSRAVESSQKRVEGNNFDSRKQLLQYDDVLRQQREVIYKQRFEVIDSENLREIVENMIKSSLERAIAAYTPREELPEEWKLDGLVDLINTTYLDEGALEKSDIFGKEPDEMLELIMDRIITKYNEKEEQFGKEQMREFEKVIVLRAVDSKWMDHIDAMDQLRQGIHLRAYAQTNPLREYQMEGFAMFEHMIESIEDEVAKFVMKAE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Preprotein translocase subunit secY
分子量 formula_weight	48140.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MSEYLKALFELKELRQKFIFTLLMFVIYRLGSHIPIPGINPEALRDFLKAFEGSVFALYDIFSGGNLGRLTVFALGVMPYISASIMMQLLTVAIPSLQRLAKEEGDYGRYKINEYTKYLTLFVATVQSLGIAFWIRGQVSPKGIPVVENPGISFILITVLTLVAGTMFLVWIADRITEKGIGNGASLIIFAGIVANFPNAVIQFYEKVKTGDIGPLTLLLIIALIIAIIVGIVYVQEAERRIPIQYPGRQVGRQLYAGRKTYLPIKINPAGVIPIIFAQALLLIPSTLLNFVQNPFIKVIADMFQPGAIFYNFLYVTFIVFFTYFYTAVLINPVELAENLHKAGAFIPGVRPGQDTVKYLERIINRLIFFGALFLSVIALIPILISVWFNIPFYFGGTTALIVVGVALDTFRQIETYLIQKKYKSYVRR

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SecE
分子量 formula_weight	7504.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MEKLKEFLKGVRDELKRVVWPSRELVVKATISVIIFSLAIGVYLWILDLTFTKIISFILSLRGSL

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex Aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein-export membrane protein secG
分子量 formula_weight	11358.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MYYALLTLFVIIAVVLIISTLLQKGRGDVGAAFGGGMGQSIFGVGGVETILTKATYWLGALFLVLALLLSVIPKEKGSVVEKSVQTEQSEGKGTTQESGKGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	146.359 Å
晶胞边长 b length_b	167.974 Å
晶胞边长 c length_c	187.722 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.500 Å
最低分辨率 resolution_low	14.990 Å
R 因子 r_factor	0.3670
R_work r_work	0.3650
R_free r_free	0.3900

Structure of the complex of aquifex aeolicus SecYEG and bacillus subtilis SecA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit secA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Preprotein translocase subunit secY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein-export membrane protein secG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dl8__assembly_1__model_1

3dl8__assembly_1__model_1 | I(q)

3dl8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the complex of aquifex aeolicus SecYEG and bacillus subtilis SecA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit secA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase subunit secY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein-export membrane protein secG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dl8__assembly_1__model_1

3dl8__assembly_1__model_1 | I(q)

3dl8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)