3dzy

Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with Rosiglitazone, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma × 1 （P37231） ;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDCPDTPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDAPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDTPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDAPDGPDTPDTPDTPDG)-3') ; × 1 NCOA2 Peptide × 2 （Q15596） (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 2,4-THIAZOLIDIINEDIONE, 5-[[4-[2-(METHYL-2-PYRIDINYLAMINO)ETHOXY]PHENYL]METHYL]-(9CL) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RXRA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–467； UniProt 11–462

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

Homo sapiens

UniProt P37231

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 （P19793） ;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDCPDTPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDAPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDTPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDAPDGPDTPDTPDTPDG)-3') ; × 1 NCOA2 Peptide × 2 （Q15596） (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 2,4-THIAZOLIDIINEDIONE, 5-[[4-[2-(METHYL-2-PYRIDINYLAMINO)ETHOXY]PHENYL]METHYL]-(9CL) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPARG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 16–419； UniProt 102–505

NCOA2 Peptide

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 （P19793） Peroxisome proliferator-activated receptor gamma × 1 （P37231） ;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDCPDTPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDAPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDTPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDAPDGPDTPDTPDTPDG)-3') ; × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 2,4-THIAZOLIDIINEDIONE, 5-[[4-[2-(METHYL-2-PYRIDINYLAMINO)ETHOXY]PHENYL]METHYL]-(9CL) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCOA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–13； UniProt 685–697 作者链 G； PDB构建体 1–13； UniProt 685–697

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dzy
沉积日期 deposition_date	2008-07-30
结构标题 title	Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with Rosiglitazone, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide
关键词 keywords	;DNA-binding, Host-virus interaction, Metal-binding, Nucleus, Receptor, Transcription, Transcription regulation, Zinc-finger, Activator, Diabetes mellitus, Disease mutation, Obesity, Phosphoprotein, Transcription-DNA COMPLEX ;; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dzy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dzy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dzy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.06 Å
Rg（电子密度）	29.68 Å
总 Rg	30.45 Å
原子数	6271
残基数	715
排除体积	109980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dzy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinoic acid receptor RXR-alpha
分子量 formula_weight	51527.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6271

MAHHHHHHVDDDDKMFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
分子量 formula_weight	48163.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAHHHHHHVDDDDKMYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLAVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDCPDTPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDAPDAPDGPDGPDTPDCPDAPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	6176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CAAACTAGGTCAAAGGTCAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDTPDTPDGPDAPDCPDCPDTPDAPDGPDTPDTPDTPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	6090.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CTGACCTTTGACCTAGTTTG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	NCOA2 Peptide
分子量 formula_weight	1621.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E

EKHKILHRLLQDS

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(9cis)-retinoic acid
分子量 formula_weight	300.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2,4-THIAZOLIDIINEDIONE, 5-[[4-[2-(METHYL-2-PYRIDINYLAMINO)ETHOXY]PHENYL]METHYL]-(9CL)
分子量 formula_weight	357.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3dzyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	3dzyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	3dzyD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	3dzyD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

▶

晶胞边长 a length_a	63.803 Å
晶胞边长 b length_b	146.514 Å
晶胞边长 c length_c	67.223 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	46.710 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2680

Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with Rosiglitazone, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NCOA2 Peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dzy__assembly_1__model_1

3dzy__assembly_1__model_1 | I(q)

3dzy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with Rosiglitazone, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NCOA2 Peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dzy__assembly_1__model_1

3dzy__assembly_1__model_1 | I(q)

3dzy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)