3etb

Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 complexed with anthrax protective antigen domain 4

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Anthrax Protective Antigen

Bacillus anthracis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAG_BACAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–144； UniProt 621–764 作者链 K； PDB构建体 1–144； UniProt 621–764 作者链 L； PDB构建体 1–144； UniProt 621–764 作者链 M； PDB构建体 1–144； UniProt 621–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3etb
沉积日期 deposition_date	2008-10-07
结构标题 title	Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 complexed with anthrax protective antigen domain 4
关键词 keywords	single-chain FV, monoclonal antibody, immunoglobulin, toxin, antibody-antigen complex, IMMUNE SYSTEM-TOXIN COMPLEX; IMMUNE SYSTEM/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3etb__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3etb__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3etb__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.70 Å
Rg（电子密度）	22.97 Å
总 Rg	23.84 Å
原子数	2881
残基数	372
排除体积	50862 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3etb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3etb__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3etb__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3etb__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
分子量 formula_weight	26866.6 kDa
突变 mutation	I21V, L46F, S56P, S76N, Q78L, L94P, S1030N, T1058S, K1065E, T1069I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I
原子数 atom_count	11546

MADYKDIQMTQTTSSLSASLGDRVTVSCRASQDIRNYLNWYQQKPDGTVKFLIYYTSRLQPGVPSRFSGSGSGTDYSLTINNLEQEDIGTYFCQQGNTPPWTFGGGTKLEIKRGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEVQLQQSGPELVKPGASVKISCKDSGYAFNSSWMNWVKQRPGQGLEWIGRIYPGDGDSNYNGKFEGKAILTADKSSSTAYMQLSSLTSVDSAVYFCARSGLLRYAMDYWGQGTSVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anthrax Protective Antigen
分子量 formula_weight	16499.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M

RDKRFHYDRNNIAVGADESVVKEAHREVINSSTEGLLLNIDKDIRKILSGYIVEIEDTEGLKEVINDRYDMLNISSLRQDGKTFIDFKKYNDKLPLYISNPNYKVNVYAVTKENTIINPSENGDTSTNGIKKILIFSKKGYEIG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus anthracis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1392
宿主生物 host_organism	Bacillus anthracis

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3etbF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3etbJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	810 —

结构域编号 domain_id	3etbK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	810 —

结构域编号 domain_id	3etbL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	810 —

结构域编号 domain_id	3etbM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	810 —

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晶胞边长 a length_a	48.940 Å
晶胞边长 b length_b	299.720 Å
晶胞边长 c length_c	68.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2760

Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 complexed with anthrax protective antigen domain 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Anthrax Protective Antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3etb__assembly_3__model_1

3etb__assembly_3__model_1 | I(q)

3etb__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 complexed with anthrax protective antigen domain 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Anthrax Protective Antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3etb__assembly_3__model_1

3etb__assembly_3__model_1 | I(q)

3etb__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)